主要是持股人的身份、股票转移、理论价值不同。
1、法人股是指企业法人或具有法人资格的事业单位和社会团体，以其依法可支配的资产，向股份有限公司非上市流通股权部分投资所形成的股份。
自然人股是区别于法人股的相对概念，即社会自然人参与募股或以发起设立方式所取得的股份公司的股权，是企业上市前的社会公众股，它与企业内部职工股同属于个人股。
注：如果该法人是国有企业、事业及其他单位，那么该法人股为国有法人股；如果是非国有法人资产投资于上市公司形成的股份则为社会法人股。
2、与法人股相比，社会自然人股的优势是可以在自然人之间自由转让。
3、从理论上及本源上来看，社会自然人股的价值源自自然人所持股权企业的价值（主要是其赢利能力和未来成长空间），以及其上市后套现的高回报。
扩展资料：
法人股转让的限制性规定
1、股份公司发起人持有本公司股份自公司成立之日起一年内不得转让；
2、公司法及其他法律法规规定不得从事营利性活动的主体，不得受让公司股份，如商业银行不得向非银行金融机构和企业投资；
3、法人股只能在法人之间转让，不能转让给自然人或其它非法人组织；
4、上市公司收购中，收购方持有的上市公司股票，在收购行为完成后六个月内不得转让；
5、除为核减公司资本或与持有本公司股票的其它单位合并，公司不得收购本公司股票；
6、中国公民个人不能作为中外合资（合作）有限公司的股东；
7、属于国家禁止或限制设立外资企业的行业的公司股权，禁止或限制向外商转让。
参考资料：法人股_百度百科
