汽车挂牌后合格证会由车管所存入机动车档案。
根据《机动车登记工作规范》：
第八条 下列资料存入机动车档案：
（一）《机动车注册登记申请表》原件；
（二）《机动车注册/转入登记表》原件；
（三）《机动车登记业务流程记录单》原件；
（四）机动车所有人和代理人的身份证明复印件；
（五）机动车的来历凭证原件或者复印件。其中，全国统一的机动车销售发票、《协助执行通知书》和国家机关出具的调拨证明必须是原件；
（六）国产机动车的整车出厂合格证原件；进口机动车的进口凭证原件；
（七）车辆购置税的完税证明或者免税证明副联原件。
扩展资料
《机动车登记规定》中规定：
第四十七条 机动车所有人发现登记内容有错误的，应当及时要求车辆管理所更正。车辆管理所应当自受理之日起五日内予以确认。
确属登记错误的，在机动车登记证书上更正相关内容，换发行驶证。需要改变机动车号牌号码的，应当收回号牌、行驶证，确定新的机动车号牌号码，重新核发号牌、行驶证和检验合格标志。
《机动车登记工作规范》中规定：
第八十条 由代理人代理申请机动车登记的，车辆管理所应当审核代理人的身份证明；将代理人身份证明复印件存入机动车档案。
第八十一条 车辆管理所对《机动车行驶证》或者《机动车登记证书》的登记事项登记错误的，应当予以更正。
参考资料来源：中国政府网-机动车登记工作规范
