你的标题说旅行社的机票价格比航空公司行程单上价格贵了很多，但是问题确是最终票价（含税）比旅行社实收价格高了35%，到底是那个更贵啊?恕我才疏学浅，没看懂。
如果按照你修改后的提问，我的回答如下，
我是做预算成本分析的，虽然我不负责费用、做账，但是费用分析我还是看的。出现了这种情况，一般都是旅行社报价高，因为他们会你们发票，这中间不能排除贵司订票人员和旅行社协商，将机票价格抬高，然后按照比例分成。(这种比较常见，在日常操作中，这种说法我得到了相关人员的证实)，但是超过35%就不正常了，如果国内机票一般一单在票款的10%，最低不会少于200，如果旅程较短，就不存在了。因为实在是没啥好做的。其他情况我认为不存在，在同一架次飞机的不同舱位价格也不一致。但差价35%离谱。
但是我要告诉你的是，虽然存在这样的情形，除非人家坦白，否则你就是怀疑阶段，毕竟是同事，还要继续下去。
从费用管控的角度出发，在类似事件中，应该让订票的行政工作人员，取得至少3家以上的报价，包含将航空公司官网的价格。因为贵公司要取得发票，所以一般情况下在外籍航空公司购买，就会比较容易找旅行社或者机票代理商。如果这样做，下次你在查询就会比较正常了。
