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法海上座叩问道：“大师圆寂之后，衣钵将交付给谁呢？”
六祖大师说：“先祖菩提达摩大师留下的衣钵，到此为止，不再传了……。今后，你们只要《坛经》去讲授佛法，就是正确的佛法……，照我说的方法去修行，就会证得真正的佛果。”
七月八日，六祖大师要弟子速备船只，他要乘船去新州。
有弟子问：“大师从此离去，什么时候回来？”
六祖大师说：“叶落归根，来时无口。”
又有弟子问：“大师衣钵传付给什么人？”
六祖大师说：“有道者得，无心者通。”
又有人问：“莫非你将来会有灾难吗？”
六祖大师说：“我圆寂后五六年，会有一人来取我首级，你们可记住这几句预言：头上养亲，口里须餐，遇满之难，杨柳为官。”又转身对大家说：“你们不必担心以后的事情，我走后七十年，有两位菩萨会从东方来，一位是出家的僧人，一位是在家的居士。他们同时兴盛佛法，教化众生，建立宗派，修建庙宇，将佛法发扬光大，广为流传。”
八月三日，六祖大师沐浴更衣后，对弟子嘱咐完身后之事，又说了一首偈语：
兀兀不修善，
腾腾不造恶，
寂寂断见闻，
荡荡心无著。
端坐到三更，对弟子说：“我要走了。”便溘然涅槃，终年七十六岁。这时，屋子里弥漫奇异的香味，一道白虹连天接地，四周林木尽染白色，满山禽兽发出阵阵哀鸣。
慧能去世后，肉身久不散乱。广州、韶州、新州三郡官员，以及四周僧尼百姓，争要迎请六祖大师真身，一时不能决定迎往何处。于是大家燃香祈祷，见一股白烟直指曹溪，十一月十三日，众人便将六祖真身神龛迁回曹溪宝林寺。
第二年，大家记起六祖大师生前说过有人要来盗取头颅的预言，便把六祖真身请出神龛，用铁片、铁链及漆布将真身颈项牢牢护住，然后入塔，其时塔内忽放白光，冲天直上，三天后才渐渐消散。
开元十年（公元722年），八月三日半夜，忽闻塔内传出铁索拽动之声，僧众惊起，见一汉子从塔中慌忙逃出，再检视六祖真身，发现脖颈有伤痕，天明即向州县报了官。县令杨侃和刺史柳无忝对此案十分重视，切加擒拿，不久于石家村捕得贼人，送往韶州审讯。此贼姓张，汝州梁县人，是个孝子，为赡养家中年迈的老母，拿了洪州开元寺一个新罗（今朝鲜）僧给的二十千钱，帮该僧人盗取六祖大师首级归海东供养。这就是慧能预言中说的“头上养亲，口里须餐”。而审理此案的县令杨侃和刺史柳无忝，正是应了预言中的“遇满之难，杨柳为官”。柳太守亲自将犯人押往往曹溪，征求六祖大弟子令韬对此案处理意见。令韬说：“若以国法刑律论，应以盗贼严处；但以佛教慈悲为怀、冤亲平等，而且彼盗首本意也是为了供养，就饶了他吧。”柳太守感叹不已：“佛门广大，真是不假啊。”就赦免了罪犯。
