在观看3D画面时，眼球随着影像反复调整对焦，时间稍长就会导致眼睛酸胀等不适症状。很多人经过一段时间会消除不适感觉，也有的人即使长期观看也不会出现不适。除了3D影像，闪烁的屏幕也可能对视力造成伤害。长时间处在光线昏暗的影院环境，享受强烈声光特效的刺激，这些都可能使双眼出现疲劳。在紧张的电影情节中，观众们往往睁大双眼、情绪激动，更容易出现眼部不适，重者甚至造成青光眼。大部分影院的3D眼镜并非一次性使用，观影者存在传染眼疾的风险。如果条件允许的话，观众可以自带消毒纸巾进行擦拭。
3D电影并非适合所有群体，斜视、弱视、青光眼、干眼症、红眼病等眼病患者以及儿童不适合观看。近视、远视、散光的人最好戴矫正眼镜观看。如果双眼度数相差大于250度，最好配戴隐形眼镜。在看3D电影时，每隔一小时应该闭眼睛几分钟，让眼睛得到放松与休息。在看3D电影时，应选择适当的座位，距离大屏幕不能太近。距屏幕15米远是最佳距离。
