第一：工资至少一个月发放一次。当月工资不得迟于下月15号之前发放。如果公司按照这个准则发放工资，就是不违法的。但这只是发放工资的时间规定。
第二：你说的一次是合法的工资，那另外的肯定是不合法的工资了。如果是说第一次发放的是正常工作时间的工资，第二次发放的是超时加班的工资，那么这也是合法的。无论分开几次发放，只要说明是一个月的工资，就可以。公司这么做，可能是为了应付国家检查吧。国家规定的是每月加班时间不能超过36小时。你一周都超过20个小时了，公司当然害怕检查。但是不管分几次以什么名目发（或者以奖金名义发，但是国家的工资概念是包括奖金、补贴、加班费的），都是一个月的工资。
公司这么做我估计也是无奈，现在很多工厂固定工资是一样的。但是有的厂活多，加班多。所以很多人愿意去，愿意加班，然后多拿点钱。没有加班的工厂反倒不好招人。现在很多老乡见面，都会问：你这个月加班多少钟？呵呵
很多公司也是分两次发工资，一次是基本工资，一次是提成。因为提成的算法比较复杂，可能无法和基本工资一起算出来。但是又不能拖着没有提成部门员工的工资，所以就变通了。
总之，只要公司没有少发工资，就是可以理解的。发几次都可以。
