一、 相关的政策依据：
1、对个人独资企业和合伙企业征收个人所得税的政策依据：《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发[2000]16号）。
国务院决定，自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。
2、对个人独资企业和合伙企业征收个人所得税的具体税收政策：财政部、国家税务总关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知（财税[2000]91号）规定：
个人独资企业和合伙企业(以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
对个人独资企业和合伙企业征收个人所得税的征税办法。
《个人所得税法》第六条 应纳税所得额的计算：个体工商户的生产、经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
二、征收办法：对个人独资企业和合伙企业征收个人所得税征收办法分为查账征收和核定征收二种方法，现分别说明如下：
（一）查账征收方法下的应税所得额的计算
个人独资和合伙企业(以下简称企业)的应纳税所得额，等于每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额。
1、收入总额：收入总额是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入。包括商品(产品)销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。
2、成本、费用以及损失：成本、费用是指个体户从事生产经营所发生的各项直接支出和分配计入成本的间接费用以及销售费用、管理费用、财务费用；损失是指个体户在生产经营过程中发生的各项营业外支出。（详细解释可参见：国税发[1997]43号）《个体工商户个人所得税计税办法（试行）》。
3、但以下项目按特殊规定扣除：
（1）投资者每月固定扣除费用3500元(从2011年9月1日起);但投资者本人在企业发放的工资不得扣除。
投资者兴办两个或两个以上企业的，其费用扣除标准由投资者选择在其中一个企业的生产经营所得中扣除。
（2）投资者及其家庭发生的生活费用不允许在税前扣除。
（3）企业生产经营和投资者及其家庭生活共用的固定资产难以划分的，由主管税务机关根据企业的生产经营类型、规模等具体情况，核定准予在税前扣除的折旧费用的数额或比例。。
（4）个人独资企业和合伙企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。
（5）个人独资企业和合伙企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费、职工教育经费支出分别在工资薪金总额2%、14%、2.5%的标准内据实扣除。
（6）个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售(营业)收入15%的部分，可据实扣除;超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
（7）个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售(营业)收入的5‰。
（8）计提的各种准备金不得扣除。
在查账征收方式下，企业应纳税所得额=会计报表利润总额+纳税调整增加额-纳税调整减少额。
（二）征收方法下的应税所得额的计算：（见（财税[2000]91号）第九条规定）
实行核定应税所得率征收方式的，应纳所得税额的计算公式如下：
应纳税所得额＝收入总额×应税所得率或———＝成本费用支出额÷(1-应税所得率)×
应税所得率
应税所得率应按下表规定的标准执行：
应税所得率表
行业 应税所得率(％)
工业、交通运输业、商业 5—20
建筑业、房地产开发业 7—20
饮食服务业 7—25
娱乐业 20—40
其他行业 10—30
具体适用应税所得率由主管税务机关根据企业实际情况在上表幅度范围内确定。
介绍了上述政策规定后，可以看出个人独资企业和合伙企业的个人所得税的应纳税所得额，既不是企业的年收入累计，也不是企业的利润总额 或净利润额，而是以企业净利润为基础，加上纳税调整增加额，减纳税调整减少额得出。
对2个人的合伙企业，先按照他们的投资比例来分配应纳税所得额，然后计算各自的应纳税额。
愿我的回答能释除你的迷惑。
