金陵、建康、江宁、天京、应天等。
1、金陵
金陵是南京最雅致而古老的正式名称，一直沿用至今。其来历，一般认为因南京钟山在春秋时称金陵山而得名。
公元前333年，楚威王灭越后，就在今清凉山上修筑了一座城邑。因为那时紫金山叫做金陵山，它的余脉小山都还没有自己的名字，楚邑建在清凉山上，而清凉山当时是金陵山的一部分，所以把此城命名为金陵邑。
2、建康
建康是南京在六朝时期的名称，孙吴、东晋、刘宋、萧齐、萧梁、陈朝六代京师之地，是中国在六朝时期的经济、文化、政治、军事中心，也是世界上第一个人口超过百万的城市，当时世界上最大的城市。
建康城范围东西南北各40里，有宫墙三重，南拥秦淮、北倚后湖、钟山龙蟠、石城虎踞，苑囿主要分布于都城东北处，宫城北有华林园，覆舟山有乐游苑，华林园、天渊池等宫苑点缀其中。
西南有石头城、西州城，东南有东府城、丹阳郡城，宣阳门至朱雀门间五里御道两侧布置官署府寺，居住里巷主要分布在御道两侧和秦淮河畔，城内外遍布佛寺，有大小寺庙五百余所。
建康城是中国传统礼教制度与自然完美结合的典范，中国古代都城的杰出代表，在中国古代都城发展史上具有重要地位，首开都城中轴对称布局的先例，其平面布局、建筑形制对后世影响深远，并深刻影响到东亚各国。
六朝皇宫台城，宫殿壮丽巍峨，殿阁崇伟，为北魏都城以及东亚各国争相效仿，上承秦汉下启隋唐，深远影响了后世都城建设的形制。
3、江宁
江宁是南京的旧称之一，寓意为“江外无事，宁静于此”、“江南安宁”等，南京如今的简称”宁“便是取自于以前的名称”江宁“，即“江宁县”、“江宁郡”、“江宁府”等。
如今的南京设有江宁区（注：江宁区不等于江宁）。“江苏”的得名便取自于“江宁”与“苏州”之首字。
西晋太康元年（280）析建邺县西南置临江县，二年改江宁县。
唐至德二年（757），于江宁县置江宁郡。
五代十国时期，江宁为南唐国都，是中国南方的政治、经济、文化中心。下辖上元县、江宁县、溧水县、溧阳县、句容县、广德县、当涂县、芜湖县、繁昌县、六合县、铜陵县、青阳县等县。
宋朝时期，江宁为江南东路的首府，是中国东南地区的政治、经济、文化中心。下辖上元县、江宁县、句容县、溧水县、溧阳县等县。
清朝时期，江宁是统辖江南省（今江苏、安徽、上海）、江西省两（三）省的两江总督署驻地，两（三）省首府，是清代中国的军事重镇，两江经济中心，财政物资的重要供应地。
下辖上元县（今南京主城东部）、江宁县（今南京主城西部）、溧水县、句容县、溧阳县、江浦县、六合县、高淳县，治所位于江宁县和上元县。
4、天京
天京是南京在太平天国时期的名称，是太平天国的首都，在清朝两江总督署所在地江宁（今南京）上建造的都城。天京喻“天国京师”之意，谓之“金陵小天堂”。
1853年（清咸丰三年）3月29日，天王洪秀全和东王杨秀清在文武百官和黎民百姓的跪迎欢呼声中进入金陵城，暂住藩习衙署，不久修缮两江总督衙门，改作天王府，并宣布定都江宁，改名天京，正式建立了与清王朝相对峙的太平天国农民政权。
1864年（清同治三年）曾国荃的湘军攻破天京，轰轰烈烈的太平天国运动宣告结束，两江总督曾国藩将天京改回江宁。
5、应天
应天府，或称京师，是南京在明朝时期的名称，为明朝前期首都，后永乐时期迁都顺天府，应天府作为留都。应天府下辖上元、江宁、句容、溧阳、溧水、高淳、江浦、六合八县。
元至正十六年（1356年）朱元璋亲自带兵分三路用十天时间攻破集庆路（今南京），并改名应天府。三月，改集庆路名为应天府。
洪武元年（1368年）八月，建为南京。洪武十一年（1378年）正月至永乐元年（1403年）正月的25年间，应天府为明朝的京师。
永乐十九年（1421年）明成祖北迁，以顺天府为京师，以南京应天府为留都。清初顺治二年（1645年），满清攻克应天府后改名为江宁府。
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