首先，肝内胆管结石的治疗是外科临床上的一个难题。由于认识上、解剖上、病理上、技术上多方面的原因，致使肝内胆管结石的治疗还存在很多问题，影响治疗效果。所以要特别予以重视和认真对待。
（1）肝内胆管结石外科治疗的难点
由于肝胆管结石的病理十分复杂，在思想认识上它是区别于胆囊结石的另一病种，不能按照治疗胆囊结石的原则和方法来处理肝胆管结石。胆囊结石可以采用口服或穿刺滴注溶石药治疗，并取得一定效果，肝内胆管结石目前尚无理想的溶石药。胆囊结石切除胆囊，可以得到彻底治疗，肝内胆管结石就不能广泛切除胆管，加以肝内胆管结石肝内外病灶分散，往往合并肝内外胆管狭窄和扩张，从技术上讲有时难以一次在手术中完全予以处理。有时患者处于急性胆管炎、休克等危重状态，急症手术、术前情况不清或仅允许进行应急措施，遗留肝内病变。肝胆管结石合并肝硬化、门脉高压症，手术治疗非常困难等原因，致使肝胆管结石的外科治疗，经常发生术后残余结石和胆管狭窄。国内统计肝胆管结石术后，残石发生率高达40%～70%，遗留肝内胆管狭窄的比例更大，以致约30%的病例需要再次行胆道手术。严重的是很多患者随着手术次数的增加，病理情况更加复杂，胆管狭窄更易发生，又需再次手术。因此增加了手术并发症和死亡率。
（2）肝内胆管结石外科治疗的原则
随着医疗实践的提高和诊疗技术的进步，系统方法提高了处理肝胆管结石，必须坚持整体性、综合性与辩证性原则的认识。影像学检查和肝门解剖立体成像的概念，使传统的肝外手术转为肝内手术成为可能。对肝内胆管结石治疗，运用肝外科技术，处理肝门部和肝内大胆管，以达到良好的显露，形成了比较完整的肝胆管结石外科治疗原则，即取净结石，去除病灶，矫治胆管狭窄，恢复和建立胆道的生理功能与通畅胆流，避免和防止胆道感染及结石的复发。
（3）作好术前准备，避免急症手术
按照治疗原则进行系统规划与整体设计。对肝内胆管结石患者，尽量不在急症时，特别是病理情况不甚清楚情况下进行手术。可以采取中西医结合方法，给予适当抗生素，经鼻胆道管进行胆管减压，或经皮肝穿刺胆管引流，纠正水电解质紊乱及酸碱平衡，度过急症期。
术前积极治疗各种并发症，诊断清楚胆石部位，胆管狭窄的部位及程度，肝内外胆道的病理状况，肝功能及全身情况。根据病变和实际可能，制订治疗方案，力求作好第一次手术。如为已行多次手术的病例，更应慎重考虑，周密设计，争取成为最后一次手术。
（4）组合手术与后续治疗
①组合手术。肝胆管结石外科治疗的要求，很难用某一手术方式，在一次手术中彻底解决，必须采取多种手术方式组合起来，进行互补，以满足治疗的需要。例如位于左叶结石或左叶肝纤维化、肝组织萎缩，可行肝左叶或肝左外叶切除；如同时合并肝门胆管狭窄，行肝门胆管成形术；如胆管组织缺损，可以胆囊瓣或圆韧带修补；如缺损较大，还可以胃或空肠带血管蒂瓣修补，只要肝外胆管下端无狭窄，尽量以胆管成形术来保留肝外胆道及胆总管末端括约肌的功能。
如为肝左、右叶广泛结石，且合并肝门胆管狭窄，可以自肝管切开，向上显露肝内1～2级肝管，解除胆管狭窄和取净肝内结石。
现在用超声碎石镜直接进入肝内胆管进行碎石，因为有电视监视，可以到达3～4级胆管进行碎石，并且它是边碎边吸，大多数病例可在术中全部清除结石，加上术后胆道镜治疗，提高了肝内胆管结石的治疗效果。
如果肝外胆管狭窄已不能利用，或为再次手术患者，处理肝内结石及解除胆管狭窄以后，则宜行肝门胆管或肝内胆管空肠Rouxen-Y吻合术。重要一点是如肝内遗留病灶，特别是肝内胆管狭窄未予解除，而在狭窄以下行胆-肠吻合术，则术后不但未解决胆汁通畅引流，而且会增加肠胆反流，发生胆道感染或严重胆管炎，或使结石复发，是临床上常见的再手术的原因。
②后续治疗。即在手术中置入肝内或肝外胆管内导管，这种导管可以是单纯导管，也可以是气囊导管。导管置入的位置根据肝内外有无残留结石，有无胆管狭窄和导管的功能而定。有些肝内、外胆管狭窄或吻合口内的支撑导管，气囊导管，皆需要保留较长时间，一般6～12个月。对于需要长期置管患者，可用U形管，以减少胆汁的丢失。胆管内导管术后可以起到多方面的作用：进行感染胆汁的引流；支撑胆肠吻合口；支撑和扩张胆管狭窄；通过导管进行滴注药物，抗炎、止血、溶石；通过导管以声频液压震荡碎石；经导管窦道，用胆道镜取残余结石或碎石治疗；经导管进行胆道造影，观察肝内外胆管的病理情况，决定下一步的治疗方法和是否拔除导管。这些措施是手术治疗的继续和补充，只有组合手术与后续治疗很好地结合起来，才能提高肝内胆管结石外科治疗的效果。
（5）肝胆管结石几个困难问题的处理
①肝胆管结石并发肝硬化门脉高压症。肝胆管结石肝脏的病理变化，主要是胆管周围的肝组织和汇管区，随着慢性炎症的发展，肝组织纤维化，门静脉腔缩小，管壁增厚。汇管区内肝动脉明显扩张，内径增粗，门静脉血流受到压迫，回流血减少，肝组织萎缩，是产生门脉高压症的原因。加上反复发作的胆管炎和胆管周围炎，胆汁淤滞，肝细胞损害和再生，形成胆汁性肝硬化，随病情加重门脉高压症也愈加发展。所以，肝胆管结石患者的门脉高压症是继发的，是长期胆管梗阻，严重黄疸肝硬化的结果。此类患者除一般门体间侧支循环外，肝门肝外胆道区域有大量的静脉网和曲张静脉，手术的最大困难是手术中难以控制的大出血，也是导致手术失败的主要原因。如果为再次手术，则难度更大。处理原则：对于这种复杂病例首先是加强手术前准备，控制感染，改善肝功能，然后分期手术。
第1步是先行脾切除加肠腔分流，降低门静脉压力，为减少手术出血作准备。第2步在术后3～6个月，根据情况再作肝胆管结石的彻底手术。
②肝胆管结石多次手术的再手术。肝胆管结石由于它的病理复杂性，手术后胆石的残留率和复发率很高，或因以前手术方式不当，复发性化脓性胆管炎屡屡发作，以致多次手术并使病理情况更加复杂化。当需要再手术时，无疑增加了手术的难度。处理原则除参照胆道再手术有关问题外，主要注意以下几点：首先，术前加强全身情况的改善，全面分析患者再手术的原因，重点是解决残余结石，胆管狭窄，建立或修复通畅的胆流，矫治以前手术的缺陷，改善或设置防胆肠反流措施，减少术后胆道感染和结石复发。其次，手术选择适当的手术入路，通过肝脏包膜以解剖显露肝横裂深部胆管，有时会遇到难以控制的出血，对于肝脏包膜粘连增厚，血管丛增多时，尽量从肝包膜外分离，出血以电凝止血，仔细辨认组织，切忌盲目钳夹，需要时可予缝扎止血。同时要考虑到肝胆管结石患者的肝脏转位，肝门结构的移位，可以边穿刺边分离，找到肝外胆管。第三，术中配合B超，术中造影，肝门实在难以解剖时，可经肝实质切开胆管取石或引流。
③肝内胆管残余结石的处理。肝胆管结石术后仍有残余结石，是外科治疗中的一个难题。虽然外科技术不断改进，但是肝内胆管结石术后残余结石的发生率仍然很高。据统计国内19个省市4197例肝内胆管结石术后，残石发生率为30.36%，还有报告术后残石率高达90%。
治疗原则：积极治疗因残石引起的并发症，例如胆道感染、肝脓肿、梗阻性黄疸等。
术后带有胆道导管者，于术后4～6周，可经导管窦道用胆道镜碎石和取石。其方法：如有胆管狭窄者，先以经窦道进行胆道镜或气囊导管扩张。也可配合十二指肠镜行乳头括约肌切开术，解决胆总管下端的狭窄。胆道镜取石，胆道镜经导管窦道要细心轻柔，根据术前诊断和胆管内的情况，如胆管炎症，有絮状物，判定残石的部位，或在B超引导下，进入肝内胆管。对于大块结石，可先用碎石钳咬碎，然后夹出。肝内胆管取净后，再检查肝外胆道，直至胆总管下端开口。如一次不能取净，可以多次取石。每次间隔时间3～5天，遇有术后胆管炎者，则应在炎症控制以后再行取石。每次取石以后，都应把导管重新放到胆管内，一方面便于引流，而且为以后再次取石创造条件。对于4级以上肝内胆管，胆道镜不能进入时，可先行声频液压震动碎石，使末梢胆管结石松动至大胆管再行取石。或者用细胆道镜到胆管开口处，用取石钳进到远端胆管内取石。
难以处理的残余结石是因为T形管或肝内导管管径太细，或导管的窦道盘旋曲折，胆道镜不能进入。此种情况要先用导丝引入导管，间隔3～5天更换较粗导管，逐渐扩张，或由导丝引导进入胆道镜，进行取石。其次就是残余结石的胆管支开口狭窄，此种狭窄多为相对狭窄或膜状狭窄，用胆道镜直接扩张多可通过。如狭窄比较严重，胆道镜难以扩张时，则需进入导丝引导扩张管，先行扩张，以后再用胆道镜取石。再者因为残余结石位于肝右叶后段支或尾段支，胆管开口成角，胆道镜难以找到或难以进入。此种情况应在术前参考B超、CT、ERCP等影像学检查，研究残石位置，并在B超导向下由窦道进入胆道镜寻找胆管开口，如开口角度过小，可使胆道镜侧行弯曲进入取石。
术后已无胆道导管者的残余结石，治疗就比较困难。所以在患者术后拔除胆道引流管以前，常规要进行胆道造影或胆道镜检查，确认没有残石和胆管狭窄时，才可拔管。如在已无胆道引流管情况下，发现残余结石，治疗方法包括：服用排石中药，适合于肝内外胆管无狭窄，结石不是过大（0.5～1.0cm），胆石位于大胆管或胆总管者。
采用疏肝利胆方剂，加以电极板，射流震荡仪，循经按摩仪，经穴压迫或针刺排石等。胆石位于胆总管时，可经十二指肠镜网篮取石，需要时先行内镜下Oddi括约肌切开术（EST）。经皮穿刺选择性胆管置管（SPTCD），通过该导管可滴注溶石剂，如6-偏磷酸钠、依地酸二钠、胆酸、肝素、橘油、猪胆汁等。此种情况再配合声频液压震荡碎石，可提高清除残石效果。应用经皮肝穿刺胆道镜或经口胆道镜，进行取石和置内支撑管治疗胆管狭窄。
