最主要存在五大风险。
风险一：政策若变动过户将受影响
依据目前经济适用房的相关政策，经济适用房五年内不得上市交易，但是政策也存在调整的可能性，而且各地对经济适用房过户的规定细则也略有不同，如果在未过户期间，政策发生变动，会对购房者的过户产生影响，所以二手购经济适用房存在着政策上的风险。
风险二：原房主去世房屋变遗产被继承
如果在未过户期间原房主去世的话，依据我国的《民法通则》、《继承法》的相关规定，该房将有可能会被作为售房者的遗产而被其亲属继承，如果原房主没有留下遗嘱，那么根据法定继承，由其所有继承人继承该房产，需要继承人配合公证后才能过户。由于继承人可能涉及多人，所以过户比较复杂，也可能因为继承人不配合而产生纠纷。
风险三：卖方可单方面撤销公证
根据法律规定，买卖双方一旦发生纠纷，房产证是房屋所有权的第一证据，《房屋买卖合同》属于次要证据。一旦卖房人将房屋抵押或转售，买方人的利益将无法保证。
另外，卖方还可以单方面撤销公证书，比如在不能办理过户登记期间，房价出现大涨，卖方为了利益，可能就会申请撤销公证委托书。根据《民法通则》有关规定，公证书可以单方面申请撤销。
风险四：存在“一房多卖”可能
由于房产并未过户，所以房屋产权仍属卖方。在此期间，即使卖方将房屋的“两证”交给了买方，但只要在报纸上刊登一则遗失声明，期限两个月，若买房人未见到，卖方就可以申请获得补证，然后过户给他人，造成一房二卖或者多卖。
风险五：遇债务纠纷房产或被冻结
卖房人也可以拿着房产证进行房产抵押，房屋未经登记机构办理过户手续，其所有权最终还是属于原房主，卖房人如因债务遇到司法、行政等方面的纠纷，该房产仍可以被冻结。
总的来说，购买未满5年的经济适用房风险极大，所以卢律师提醒购房者，不要贪图这类房子的价格便宜，购房者将不得不面临失去房子的风险，而且一旦进行诉讼，将承担律师费、一审诉讼费、二审诉讼费等费用，届时，购房者将完全可能会“赔了夫人又折兵”。
