一、百度百科上看到专门注明了“单位从个人工资中直接为其代扣代缴的社会保险与个税、住房公积金及其他各类扣款都用记入工资总额，作为缴纳社会保险费工资总额基数。”这个没有错，社保公积金分为两部分，一部分是企业负担的，一部分是个人应负担的，企业缴纳的时候是一起交的，等发工资的时候再从工资里扣掉个人应负担的那部分，而在国税函[2009]3号文件明确说明了企业职工福利费、教育经费、工会经费、养老保险、医疗保险、住房公积金等是不包含在工资总额中的。说的是企业应当负担的那部分。
二、用你自己的例子来说，假设A为管理部门的，会计分录为
借：管理费用-工资 5000
贷：其他应收款-个人应负担社保公积金部分 1000
应交税费-个税 10
现金 3990
各地的社保公积金缴费基数一般采用当地上年职工年平均工资，那么这个数字怎么来，就是统计当地各个企业工资 这个工资就是从企业费用中工资的数汇总而来 然后求出平均数，就拿这个来说计算社保缴纳金额的工资基数要采纳5000这个数，不知这样讲清楚了否，希望能帮到你 望采纳
