对大都市区的治理既是创新大都市区行政管理体制，促进我国城市化与区域发展的必然要求，又是推进我国行政改革与发展的重要方面，但尚处在探索中的大都市区治理机制，在其发展进程中出现诸多制约因素。不过，站在全球视野来看，目前我国大都市区治理进程中遭遇的瓶颈之困，英美等一些发达国家也曾遇到过。
中国大都市区治理的制约因素：
改革开放以来，以东部沿海地带的开放城市为龙头，我国大都市区迅速成长起来。大中型城市内产业集群的形成与发展，拉动了区域内与区域间生产、运输以及消费，使得城市极化功能得以显现，中心城市对区域内其他部分的影响力不断增强。然而，在城市化进程加快、大都市区不断形成与发展的过程中，治理瓶颈日渐凸显，严重制约着我国大都市区的持续发展。
1.区域治理理念滞后。
由于当前我国在大都市区建设和管理中，主导思想仍是“重建轻管”和“单一式”的管治理念，即注重管理的“硬件”(城市基础设施)，轻视管理的“软件”(人文环境和人的素质)。(1)“重建轻管”会导致投资效益低下，建设项目无法发挥作用，城市功能难以充分体现，其具体表现为：城市管理投入与建设投资增长的比重呈大幅度下降趋势；因管治滞后导致建设好的设施得不到很好的维护。
(2)管治理念的“单一化”，主要表现为：把“发展”单纯地理解为经济增长和物质性扩张；把“管治”理解为政府单一主体的行为，并以行政性行为为主导。“重建轻管”和“单一式”的管治理念，已远远不适应国家、市场、政府之间各个层次的各种需要，也不能积极回应大都市区经济、社会发展出现的新情况、新问题。
2.区域治理主体单一。
在大都市区内，缺乏真正行使区域协调性职能的政府组织，非政府组织独立性又不强，治理主体“权”、“利”界限不明。对于一个面积和人口都极为庞大的都市区来说，如何做到统一管理，实现利益整合，是一个极为复杂的问题。根据治理理念，政府、非政府组织、企业、公民均是大都市区治理的主体，但是，在我国，非政府组织、企业、公民目前也只是理论上存在的治理主体，要受到政府的严格管制，缺少自主性。实际上，政府是唯一的管理主体，相对于其他主体在治理权利享有上的匮乏状态，政府的权力处于一种过度饱和的状态，所以政府官员就可能出现权力的“寻租”。此外，行政区域分片分块、各自为政的管理模式，在很大程度上也阻碍了资源的自由流通，遏制了大都市区发展的动力。
3.行政管理制度障碍。
在我国，地区间条块分割严重，各级行政区自上而下行成层次状体系而缺乏横向协调机制，这给大都市区各发展单元间的有效协作带来了巨大障碍。
(1)自上而下的行政体制。从某种意义上讲，中国的行政体制呈现出围绕上级政府的高度分割型，这给大都市地区多市镇政府间的协作，带来了制度性的障碍。与发达国家相比，我国特殊的行政管理体制是“市管县”，这种体制决定了我国的城市管理内容庞杂，从城市自身的治理，到对县域经济的指导以及领导农村地区村民自治，还要负责辖域内的思想教育、组织管理等等。政府职能复杂，一方面会导致政府机构膨胀，行政成本上升；另一方面会使城市政府无暇有效探索市、县的合理发展道路，行政效率下降。此外，通过地级市来统计区域城市化水平，往往会得出大大高于实际水平的结果，这不仅会误导我们对大都市区真实情况的了解，而且会对大都市区体制的探索起到揠苗助长的消极作用。
(2)干部任用体制。我国“对上负责”的干部任用体制，一定程度上决定了中国独特的府际关系，即“相互阻隔的横向关系”和“相对顺从的纵向关系”。这种纵向管理机制体现到大都市区的治理方面，带来了两方面的问题，一是会导致行政资源的浪费，造成城市政府管理的不经济性；二是造成政府管理的低效率，城市(大都市区)政府很难依靠单纯的行政手段有效解决日益庞杂、层出不穷的城市问题，甚至使一些问题成了久拖不决的难题。这也就是为什么在中国大都市区管治中特别强调建立更高层次协调机构的原因所在。
4.政府协调职能缺位。
过去，我国实行计划经济体制，资源流动主要表现为纵向上的流动，政府机构以及政府职能也是按照自上而下、科层式的模式建构起来的，它适应了计划经济体制下集中力量发展重点经济的需要；现在，我国实行社会主义市场经济，特别是在经济高度发展、城市化水平不断提升的大都市区内，资源和产品需要在以企业为主体的市场间自由流动，不能有地域间的人为阻碍，在制度方面要求实现平等竞争，遵循同一的市场规则，这呼唤政府职能由管治、管理向服务、协调转变。此外，随着大都市区的发展，一部分基础设施和公用事业具有规模经济效益，需要跨越各个城市的管辖区域提供服务；各城市间面临着环境保护、社会治安等共同问题，需要彼此合作进行应对。然而，由于政府职能的转变并非是一蹴而就的，正处于转型期的我国政府，其职能仍难以适应不断变化的市场经济体制，在服务与协调方面存在着较为明显的缺位问题。
此外，行政经济区与大都市区发展间的矛盾，也是我国大都市区治理的一个重要制约因素。行政经济区是指在既定的行政区划范围内，由行政区划对区域经济的刚性约束而形成的一种特殊经济现象，是我国区域经济由纵向运行系统向横向运行系统转变过程中出现的一种区域经济类型。改革开放后相当长的时间内，应中央权力下放与市场经济走向活跃的要求，地方政府承担起搞活地方经济的职能。在目前的城市行政组织和管理体制下，各城市从追求自身发展出发，极易滋长地方本位主义和功利主义倾向，人为设置行政障碍，画地为牢，使城市之间的经济关系逐渐离散，导致各城市均以行政区域为界，相互封闭，建立起“小而全”的经济体系。可见，“诸侯经济”与区域经济发展理念正好背道而驰。正如刘君德先生所讲“中国大都市区行政组织和管理矛盾的实质是各种利益的冲突”，它限制了区域经济增长极的生长和区域城市化水平的提高，极大地抑制了大都市区的持续发展。
