您好，虽然表述稍嫌冗长，但您的问题已基本了解，我的初步解答如下：
首先，您的表述中并未提及公司（以下简称“目标公司”）的组织形式，但我推测应为有限责任公司，因此一切建议均以目标公司为有限责任公司为基础做出。
其次，根据我的理解，您的困惑在于当初向“两边儿的哥哥”借入的40万元的定性及处理。就此，我的初步分析：从法律层面上讲，资金的获取渠道与资金的用途分属不同的法律关系，二者有区别也有联系：在资金获取渠道层面，取决于双方的当时的真意，即双方是否明知或心照不宣地确定资金提供的性质为非借款性质，否则均应认定为借款关系；在资金用途层面，资金的具体用途基本与资金提供方并无直接因果关系，充其量只是一个风险的问题（资金用途的风险大，提供方则会考虑要求提供担保）。因此，日常生活中，我们向银行贷款买房子，不代表银行就与我们共同共有或按份共有所购买的房子。那么，对于股权的拥有，实际上涉及一个公司法实务问题就是股东身份确认的问题，鉴于相应司法实践中总结的经验，“两边儿的哥哥”不能被当然地认定为公司的股东，因其不具备股东身份条件，其出资的40万元也不能被当然地认定为购买股权的款项。如果您拟通过给付股权的方式来处理的话，至少存在两个问题：其一，股权出让的法定程序和相应前置条件的满足；其二，也是您考虑到得问题，就是股权的价格，因为股权的价格并不当然的与注册资本是一一对应的关系，其取决于公司的盈利能力、项目前景等。
最后，根据您的表述、我的分析以及现有证据材料，该40万元按借款性质处理为宜。虽然自然人之间的借款，若无明确约定利息的视为没有利息，但出于情理考虑，可以以国家法律允许最高利息额度即四倍的利息予以支付。
顺颂商祺
田嘉龙律师
