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2020-09-21 教育 71阅读
因为大多数现有的NGS研究地理学和系统进化基于单核苷酸多态性(爱默生等人。,2010;Gompert等人。,2010;威廉姆斯等人。,2010),大多数分析方法都是适合的SNP数据,如主成分分析和结构(用于推断系统发育地理学)和基于距离的方法。主成分分析,它需要完整的数据矩阵的限制(或缺少数据统计估算),和一些方法(特别是酶切方法)容易丢失数据。而一个完整的处理NGS数据分析要求自己的评论,我们的观察是,NGS数据是目前正在制作太计算概率合并为基础的方法,形式的系统发育和地理分析的核心流行组曲要求(例如,野兽,IMA,物种树分析),虽然使用的数据亚群始终是一个选择。我们注意到两个趋势:(1)较长的NGS读取与基因的树木更可行的分析和(2)的SNP数据的测试统计假设越来越有用,例如那些涉及的基因流(Durand等人。,2011)。我们的地址数据分析未来的前景,在下一节。
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