我在人事部门工作,这样的情况在我们的实际工作中曾经出现了很多次.我来解释一下我们的做法:
1、首先我们都会告知当事人,按照《干部档案工作条例》和《流动人才档案管理暂行规定》，这些都是国家性法规，国家承认学历的全日制大中专院校的毕业生,其档案身份是国家干部，必须由县级以上组织或人事部门保管，劳动部门无权管辖，他只负责高中以下学历和其他的人员管理。
2、3、身份的转换是不区分高低的，假如你日后考公务员等，仍以你的真实身份为凭，但那会你的档案一定要在组织部或人事局。
其实，从目前的情况看，你的档案无论是保管劳动部门还是在人事部门,对你的真实身份都不会产生大的影响，但建议你还是保存在人才市场，反正两家的托管都是要缴纳保管费的。
另外，不知道你是不是江苏的，假如你办理失业证，可以参照《盐城市人民政府关于’关于明确流动人员档案管理权限和人事代理人员失业救济金申领手续的报告‘的批复》的精神办理，你可以带失业证明材料和解除劳动聘用合同材料到人才市场，要求复印有关首次就业手续的材料，至于在就业期间是否换过工作单位、是否在不同的单位参保的问题，若你没有离开过他们的管辖区域工作，那么你是否换工作和是否参保的材料都在劳动局。
我的回答就是这样，建议你再咨询人才市场，他们也一定办理过这样的事情，可以向他们寻求解决办法。
