事业单位法人证书与企业法人营业执照的区别如下：
1、内容不同
事业单位法人证书上的内容有注册号、名称、住所、法定代表人姓名、注册资本(金)、企业类型(经济性质)、成立日期、登记机关、核准日期等内容;
而企业法人营业执照内容包括：执照编号、所属企业法人名称、经营单位名称、经营地址、负责人姓名、经济类型(经济性质)、经营范围及方式、发照机关、发照日期等内容。
2、正副本的作用不同
事业单位法人证书正本为吊挂式，应当吊挂在事业单位的主要办事场所醒目处，正本只核发一份。副本为折叠式，主要用于事业单位在开展社会服务活动中对外出示，
以证明其合法身份，或用于向有关部门办理各种手续。事业单位可以根据业务需要向登记管理机关申请核发若干份证书副本
企业法人营业执照的正副本是具有同等法律效力的，在使用方面，正本是“必须悬挂”在经营场所的明显处，否则可能因未悬挂执照而受到处罚；副本一般用于外出办理业务用的，比如：办理银行开户许可证、企业组织机构代码证、税务登记证、签订合同等等。
3、遗失补办程序不同
企业法人营业执照遗失补办需要法定代表人签署、公司加盖公章的《公司变更登记申请书》和
公司盖章的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，然后提交股东会决议（定），由股东盖章（单位股东）或签字（自然人股东）。股份有限公司提交股东大会决议（会议记录），由会议主持人和出席股东大会的董事签字。
国有独资公司依据《公司法》和公司章程的规定和程序，提交国有资产监督管理委员会的决定或者董事会决议。国有资产监督管理委员会的决定加盖国有资产监督管理委员会的公章；董事会决议由董事签字。
而事业单位法人证书补办需要到工商局申请。
4、颁发机构不同
企业法人营业执照是工商行政管理机关发给工商企业、个体经营者的准许从事某项生产经营活动的凭证。其格式由国家工商行政管理局统一规定。而《事业单位法人证书》，是事业单位登记管理机关依法给核准登记或者备案的事业单位颁发的、确认其事业单位法人资格的法定凭证；
上面载有事业单位法人的名称、住所、宗旨和业务范围、法定代表人、经费来源、开办资金、社会信用统一代码等登记事项。
参考资料来源：百度百科-事业单位法人证书
