历史上最大的一次毁烧少林寺应该是1928年春军阀混战时期，被称为“二八火厄”。
“二八火厄”简介：
1、起因：1928年前后，盘踞在河南一带的吴佩孚集团军阀樊钟秀，与冯玉祥的部将石友三展开激战。樊钟秀曾把部队驻扎在少林寺内，因此3月15日，石友三打败樊部后直接占领了少林寺。
2、破坏：根据记载，当时樊钟秀的残部和少林寺僧众都已经逃离了，石友三便一把大火点燃了法堂。第二天，又将天王殿、大雄殿、紧那罗殿、六祖殿、阎王殿、龙王殿、钟鼓楼、香积厨、库房、东西禅堂、御座房等殿宇统统悉数付之一炬。一时间，少林寺内火光冲天，浓烟滚滚，四处躲藏的僧众们在山野中遥望寺院惨状，又不能前去营救，无不悲痛欲绝。石友三的部队离开少林寺之后，全寺僧众急忙回寺灭火抢救，才算保住了千佛殿、达摩亭、方丈堂、山门以及地藏殿、白衣殿等殿宇。
3、除了殿宇，这次大火毁坏掉的少林珍宝不计其数，包括寺内被皇封的“五品树祖”、经卷、《少林寺志》木刻版、魏齐造像碑、达摩面壁影石等等全未幸免。这次大火是自隋唐以来少林寺所遭受的最惨重的一次浩劫，据说，此后蒋介石来游少林寺时，也不得不发出了“石友三太坏了”的愤懑之情。在建国前的岁月里，由于战争频繁，民生凋敝，少林寺仅仅能够维持山门。
补充其他两次破坏：
1、周武灭法
北周武帝宇文邕当上皇帝不久，发现国家的大片田地无人耕种，国库也跟着空虚，而此时，成都一个名叫卫元嵩的还俗和尚和道士张宾一起上表武帝，建议“省寺减僧，并自还俗”，武帝于是下令群臣辩论佛、儒、道三教之孰优孰劣，借以废斥佛教。但事与愿违，朝廷中不少大臣都笃信佛教，这次讨论最后不了了之。
公元前574年的时候，他再次大会群臣，让道士张宾当面同少林寺僧人智炫辩论两教优劣是非，智炫和尚据理力争，连武帝本人也无法使智炫和尚屈服。武帝一怒之下，下令将佛道两教一并废除，强令全国两百多万僧人、道士一律还俗，将寺庙和塔观都分给王公贵族，财产则散给臣下。在这场自上而下的毁佛运动中，少林寺首当其冲地受到冲击。佛像被毁，塔庙被砸，僧徒们流离失散，有的隐迹尘俗，有的遁匿山林，有的逃亡江南，昔日香客拥挤的佛门胜地转眼间只剩一派萧煞之象。
2、会昌毁佛
唐武宗会昌年间，国内几经内战，人民为了逃避繁重的徭役，纷纷出家入寺。唐武宗就传下旨令，内容与北周武帝如出一辙，要让僧尼还俗。据《中国佛教》一书记载，当时全国拆毁大寺4600多所，小寺4万多所，还俗僧尼达26万多人。从数字和毁寺的方式上可以看出，唐武宗的做法远比北周武帝更绝，这次灭法运动对中国佛教的影响极大，被称为“会昌灭法”。
