一是物流运输中各种收费太多，乱收费、多收费、高收费、不合理收费现象十分普遍，包括道路的收费、管理的收费、办理各种证件的收费等等。
近20年新建的大部分高等级公路，由公共产品部分地蜕变为准公共产品甚至是私人产品，高速公路以公共设施的名义，转化成某些利益集团牟取暴利的工具，并十分巧妙地以高工资、转移支出等途径实行利益输送。之所以如此疯狂，其实从一开始就“被算计”了，从投资主体选择、工程预算到工程招标等就埋下了高收费的伏笔。一些高速公路的预算按照所谓“国际标准”，水泥、沙子、钢材等原材料按最高价格和最大量计算，设备使用费、民工工资按高标准计算，但实际采购和施工过程中，投资方、中标方、施工方都不约而同地“拼命节约”，导致不少“豆腐渣”工程。
如今我国公路货运的主要成本，一是超高的过桥过路费，二是交警、路政人员的乱罚款，三是高昂的柴、汽油费。这就是所谓的“两高一乱”。
二是虽然收费很多，但是很多地方的物流设施还很落后，如轮渡、仓储和码头等，大量的落后设施直接导致运输成本上升，因为它不便捷、效率低。而不便捷正是各种公路收费扰乱了合理高效的流通体系的建成，降低了流通效率。由于收费过高，各类企业为了降低成本，在考虑选择公路、水运或铁路运输过程中，不得不舍近求远，甚至绕道，以时间占用换取物流费用的降低，从而使合理有效的流通渠道体系难以建成，包括各种物流设施的使用、仓储运输网点的布局以及运输工具的使用。大量公路货运车辆整天像犯人一样躲躲藏藏，走小路、走夜路、绕远路，归根结底就是为了少交费，少交罚款。公路收费里程长，站点密、收费高、罚款乱。众多的收费站卡如同“肠梗阻”，使不少高速路变成了低速路，大大降低了公路使用效益。据报道，美国的9万多公里高速公路当中只有8.8%是收费路段，全世界14万公里收费公路有10万公里在中国。中国几乎所有的高速公路都是收费公路，公路的公共性质荡然无存。
三是物流的管理体制、运行机制不成熟。譬如，很多部门都在管物流，但是管理重复且不到位。以上几个因素，导致我们的物流成本过高。
朱道立：一个是油价，一个是公路收费的问题。公路收费有部分是不合理的，且收费密度比较高，甚至还有部分非法的收费。因此哪怕是超载，利润也是非常低，收入也就低，和国外的相同行业合法合理的收费相比较我们的成本就比较高了。
这些因素推高了成本，产生了几个坏的影响，压低了企业合理的收入，企业为了追求利益最大化，必须要超载，反过来压坏路面，超载以后又要罚款，害怕罚款又要行贿，更加推高了运输成本，这就暴露出运输环节的隐形成本问题。而且不单单是运输环节，整个流通领域内问题丛生，而且违规的程度很严重。这样一来运输成本必然很高。公路是公共设施，包括码头有很多费用，各种各样的都加上去，各个环节的费用都很高，而且很多问题出在公共服务环节，最主要的还是公共流通环节的成本太高。物流的成本高其实只是表象，实质还是流通环节有太多不合理之处，这使得交易成本太高。物流本身的成本并没有这么高，而最终的成本高是人为的各种各样的收费加上去的。
