一、先解决由谁来负责侦查
根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第二十二条：“公安机关和军队互涉刑事案件的管辖分工如下：
（一）军人在地方作案的，当地公安机关应当及时移交军队保卫部门侦查。
（二）地方人员在军队营区作案的，由军队保卫部门移交公安机关侦查。
（三）军人与地方人员共同在军队营区作案的，以军队保卫部门为主组织侦查，公安机关配合；共同在地方作案的，以公安机关为主组织侦查，军队保卫部门配合。
（四）现役军人入伍前在地方作案，依法应当追究刑事责任的，由公安机关侦查，军队保卫部门配合。
（五）军人退出现役后，发现其在服役期间在军队营区作案，依法应当追究刑事责任的，由军队保卫部门侦查，公安机关配合。
（六）军人退出现役后，在离队途中作案的，以及已经批准入伍尚未与军队办理交接手续的新兵犯罪的，由公安机关侦查。
（七）属于地方人武部门管理的民兵武器仓库和军队移交或者出租、出借给地方单位使用的军队营房、营院、仓库、机场、码头，以及军队和地方人员混居的军队宿舍区发生的非侵害军事利益和军人权益的案件，由公安机关侦查，军队保卫部门配合。
（八）军队在工商行政管理部门登记注册，实行企业化经营管理的公司、厂矿、宾馆、饭店、影剧院，以及军队和地方合资经营的企业发生的案件，由公安机关侦查，军队保卫部门配合。
办理公安机关和军队互涉的刑事案件，公安机关和有关军队保卫部门应当及时互通情况，加强协作、密切配合；对管辖有争议的案件，应当共同研究协商，必要时可由双方的上级机关协调解决。
本条所称的“军人”，是指现役军人、军队在编职工以及由军队管理的离、退休人员。”
因此，现役军人在地方上犯故意伤害罪，由军队保卫部门侦查。
二、军队有自成体系的、完整的侦查（军队各部队的保卫部门）、检察、法院系统。
1、侦查终结后，案件移送军事检察院审查起诉（军级以上单位设立）
我国在军队内部专门设立军事检察院，在军队内部为三级军事检察院，即中国人民解放军军事检察院、大军区单位（含大军区、海军、空军和武警）军事检察院；军级单位军事检察院。根据宪法和人民检察院组织法的规定，三级军事检察院在检察系统内部受最高人民检察院领导，是与地方各级人民检察院并行的专门人民检察院。
2、案件经审查起诉后，再移送到军事法院审判。
军事法院与军事检察院一样，也分三级设置，中国人民解放军军事法院为一级,军区级单位的军事法院为一级,兵团和军级单位的军事法院为一级。各级军事法院的审判工作受最高人民法院监督，下级军事法院的审判工作受上级军事法院监督。中国人民解放军军事法院院长由最高人民法院院长提请全国人民代表大会常务委员会任免。
对军人的审判，只是侦查机关、检察机关、审判机关都是军队内部来实施的，这主要是军人的特殊身份造成的，特别是军队是特殊的武装团体，地方司法人员介入调查，涉及到军事机密的领域，会有诸多不便。但对军人的所有强制措施、刑事处罚等法律依据，与地方是一样的，都是依照〈刑法〉〈刑事诉讼法〉等规定来进行。
换句话说：故意伤害罪，〈刑法〉规定该怎么判就怎么判。只是参与审判活动的，都是军人而已。
