第3集 对战劲敌 三对三
剧情简介：使用刚收服到的姆克儿来找皮卡丘的小智，遇上了正在收服姆克儿的少年。虽然小智对於这个少年收服神奇宝贝的态度，感到很不悦，但是当少年提出要和小智做三对三的对战时，小智因为身边只有两只神奇宝贝所以无法跟他对战。
而此时，火箭队刚好在附近袭击皮卡丘，虽然皮卡丘用「伏特攻击」还击，但仍然败给了火箭队的新机器。发现「伏特攻击」的电击而赶到的小智，跳上机器想要救皮卡丘，企图阻止他的火箭队也因此自取灭亡...
第81集 灼热的小火焰猴!
剧情简介：为了下一场道馆赛进行特训的小智一行人遇见了真司。小智与真司果然一见面就因为彼此对神奇宝贝的看法不同争论起来。激动起来的小智要求进行对战，但是真司拒绝接受并准备离去。这时候，小火焰猴对真司提出对战的诉求。被小火焰猴打动而开始对战的真司，派出了圈圈熊…
第131集 全员对战!真嗣对抗小智!! 前篇
剧情简介：小智一行人为了实现与真司全面对战的约定，来到湖面波光粼粼的睿智湖畔。两位风格完全相反的神奇宝贝训练家，终於要展开激战。两人的全面对战，应该会是双方气势十足的冲突。但是，不只是真司，连小智都冷静观察对手的神奇宝贝，活用替换机制，带出意外的发展。
第132集 全员对战!真嗣对抗小智!! 后篇
剧情简介：真司与小智展开了一场彼此信念之争的对战！在双方各有一只神奇宝贝被击倒的局面下，与真司的鸭嘴焰龙对峙的是──小智最好的搭档皮卡丘。以信任的力量渡过以往无数危机的小智与皮卡丘，勇敢地挑战鸭嘴焰龙！
真司一直否定小智的对战风格，但是小智与神奇宝贝们的羁绊在他眼前引发奇迹！对战尾声，真司的圈圈熊就要打倒小智的小火焰猴时，回应小智的信赖，发挥潜力的小火焰猴出现异变...
第186集 劲敌决战!小智对抗真司
剧情简介：从踏上在神奥地方的旅行开始，就是最大且最强的宿敌?真司。战斗方式、对待神奇宝贝的方式、培养方式，一切的一切都与小智正好相反。两人过去曾经好几度发生冲突，不过在睿智湖的全面对战之後，小智对真司、真司对小智，都开始慢慢认同对方。
这样的两人，约定要再进行一次全面对战的地方，就是神奥联盟。过去绝不会相交的两条线，在梦想的舞台上交会了！史上最大的全面对战，小智VS真司！对两人来说的真正神奥联盟，终於要开始了
第187集 激斗全员对战!小智对抗真司!!
剧情简介：从对战开始就势如破竹的小智目前领先真司。可是，从真司的第3只神奇宝贝"蝎怪神奇宝贝"龙王蝎出现在场地上开始，战情就急转直下！它以巨大的尾巴和强猛的「飞弹针」将小智的神奇宝贝逼入绝境。为了破除这个恶劣情势，小智派上场的是，最重要的搭档皮卡丘！另一边，真司也让龙王蝎战时下场，派出新的神奇宝贝。
第188集 最终宿敌战斗!小智对真司!
剧情简介：在最高的舞台上进行的对战终於步入最後高潮！彼此在过去的旅途中，各自找出来作为目标的「强」。小智、真司，两个人对於身为训练家的生存方式，求得答案的瞬间来临了！小智的烈焰猴在场地上摆好架势等待下一个对手。
它看著过去曾是自己训练家的真司，眼神中充满了与小智一同旅行後产生的自信。相对的，真司将深受他信赖的伙伴?电击魔兽送上场地。烈焰猴的音速拳是对战再度开始的讯号！
