1996年11月，先锋书店诞生于太平南路圣保罗教堂对面，面积约17平方米。
1999年7月，先锋书店搬迁至广州路（79）号儿童医院旁，面积约97平方米。
2001年9月，先锋书店搬迁至广州路12号二楼，面积约600平方米。
2003年11月20日，先锋书店东方商城店开业，经营面积300平方米，在新街口地铁出口，是南京第一家地铁书店。
2003年4月，先锋书店夫子庙店开业，经营面积2000平方米。
2004年9月18日，先锋书店五台山旗舰店开业，经营面积近3680平方米，经营品种7万多种，并设立了1000平方米的物流配送中心。据不完全统计，开张当天的客流高达上万人，实际销售图书码洋近10万元。这是学术书店的一个奇迹，也是中国民营书业发展史上一个的重大里程碑。
2006年1月26日，先锋书店新城市广场龙江店开业，是先锋书店的第一家社区店，经营面积600平方米，品种约3万个品种。
2013年4月21日，先锋书店无锡惠山古镇店正式开门揖客，占地面积近800平方米。
2013年11月6日，由先锋书店精心打造的具有民国风情南京范的新生活书局在南京博物院正式开张。新生活书局坐落在南京博物院内，位于民国馆地下二层民国街上，依托南京博物院建筑、历史和人文之特点，开创了一家具有完全民国风情和民国味道的书店。书店整体布局以纸质化民国时期专题图书和民国时期复古创意文化产品为特色，呈现了民国时期书业出版和发行的景况。
2014年9月11日，经过中山陵景区策划、南京先锋书店精心打造，先锋书店在永丰社开张营业，成为中国唯一以诗舍命名的书店——永丰诗舍。
2015年5月3日，南京再添新的人文地标，南京先锋书店分店入驻颐和路。走进颐和路先锋书店，可以看到“顶天立地”的大书架上设立了民国专题图书区，同时书店还开设了南京作家专柜，陈列本地作家的作品签名本。
