美苏双方最后达成以下协议：苏联撤回部署在古巴的导弹，美国宣布不再对古巴进行任何入侵行动，美国撤回部署在土耳其和意大利的导弹。
为了不使得美国的北大西洋公约组织盟国感到难堪、另外也出于宣传目的，美国从土耳其撤军比苏联晚一些，而且是秘密撤军。这样美国从表面上来看是这场危机的胜利者。不顾虑这个对外的心理效果的话苏联在这场危机中获得了一个战术胜利。通过在古巴布署和撤出导弹，苏联达到了美国从苏联的邻国撤出导弹的目的。平心而论，双方都达成了原先所设定的目标，也都各自保住的面子，算是一个相当圆满的解决。
古巴危机尤其强调了冷战中两个超级大国之间爆发核战争的危险。古巴危机后两国均开始考虑如何避免类似的危机。在华盛顿和莫斯科之间建立了美苏热线，这样可以在紧急情况下立刻进行双边首脑谈判来避免危机升级。以色列与埃及、约旦和叙利亚之间的第三次中东战争爆发后不久，1967年6月5日美苏两国第一次使用热线。后来，两国在冷战中还数次使用过热线。
潜艇事件是关于是否发射核导弹的问题船长和大副发生争执，浮上水面请示的时候顺便击落了一架美军飞机，并未发生跳海事件。
