T:修帝,J:红豆杉博士,R:坂木老大/富林多/塞格博士,D:东·乔治,F:真菰博士,B:白露,C:赤霞珠,P:等离子队,H:帅哥,A:赤楠,L:路克
水、草、火炎系道馆(1~6)
BW01.前往合众地方!捷克罗姆的身影!!T/J/R(修帝、艾莉丝、红豆杉博士,修帝得到藤藤蛇,修帝与小智第一次对战,小智落败)
BW02.艾莉丝与牙牙!!T/J/R(火箭队原有神奇宝贝寄放在本部,艾莉丝同行,武藏收服滚滚蝙蝠,小智收服豆豆鸽)
BW03.水水獭!黑眼鳄!危在旦夕!!J(小智得到水水獭)
BW04.对战俱乐部!神秘神奇宝贝现身!!R/D(东·乔治登场,小智得到暖暖猪)
BW05.三曜道馆!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!R(天桐登场) BW06.梦的遗址!食梦梦与梦梦蚀!!R/F(小智得到挑战徽章,真菰博士博士登场,艾莉丝与天桐加入)
一般系道馆(7~16)
BW07.藤藤蛇·迷人收服!?R(小智收服到藤藤蛇)
BW08.火红不倒翁与达摩狒狒!钟塔的秘密!!
BW09.蜈蚣王发飙!拯救牙牙!!R
BW10.劲敌对战!强敌轻飘飘!!T/R/D(富林多登场,修帝与小智第二次对战,小智落败) BW11.石居蟹!去夺回自己的房子吧!!R(天桐得到石居蟹)
BW12.破破袋战队与秘密基地!?(小智得到神奇宝贝蛋) BW13.泡沫栗鼠有洁癖!?J/B(白露登场,白露收服泡沫栗鼠)
BW14.七宝市!博物馆大冒险!!R
BW15.七宝道馆赛!VS道馆训练家·芦荟!!D
BW16.再次挑战七宝道馆!新绝招爆发!!D(小智得到基础徽章,暖暖猪学会火焰袭击,水水獭学会喷射水柱)
虫系道馆(17~25)
BW17.从蛋中孵出的小霸王!!R(小智的蛋孵化成滑头小子,塞格博士登场)
BW18.矢车森林!虫宝包与亚堤!!(小智收服虫宝包,并将豆豆鸽寄放在红豆杉博士处) BW19.酒侍对决!石居蟹VS双刃丸!!C(赤霞珠登场)
BW20.皮卡丘VS黑眼鳄VS鸭宝宝!!(皮卡丘学会电球)
BW21.天之箭桥与歌德小姐!J(豆豆鸽归队,并将虫宝包寄放在红豆杉博士处)
BW22.飞云市!结段蜈蚣恐慌!T/J/R(豆豆鸽进化成波波鸽)
BW23.火箭队VS等离子队!(前篇)J/R/P/H(延期)(等离子队登场)
BW24.火箭队VS等离子队!(后篇)J/R/P/H(延期)(根据BW25,火箭队的任务已结束,小智的虫宝包归队,并将波波鸽寄放在红豆杉博士处)
BW25.飞云道馆赛!纯情之心的虫系神奇宝贝对战!!(小智得到甲虫徽章,虫宝包进化成包衣茧并学会能源球,小次郎得到哭哭面具)
电气系道馆(26~52)
BW26.飞云市钓鱼大会!钓鱼酒侍天桐登场!!B (6月23日,白露暂时入队)
BW27.可爱的脸要注意!被电飞鼠麻痹了!!B(艾莉丝得到电飞鼠)
BW28.电飞鼠VS藤藤蛇!!闪电交替大混乱!!B(白露离队)
BW29.烛火鬼大宅的恐怖故事!!R
BW30.通往龙系大师之道!牙牙VS赤恶龙!!(牙牙掌握龙之怒)
BW31.消失的扇贝贝!水水獭最大的危机!!K(肯尼阳登场)
BW32.恋爱的棉花宝乘着风吧!!(小智的波波鸽归队,并将包衣茧寄放在红豆杉博士处) BW33.利格雷与不明飞行物体!!
BW34.劲敌对战!雪花冰、木棒小子参战!!T/A(赤楠在修帝回忆中登场,修帝与小智第三次对战,平手)
BW35.震音蟾蜍、玛奇鱼!水边的战斗!!T(小智的包衣茧归队,水水獭掌握喷射水柱,小智收服震音蟾蜍并将其与波波鸽一同寄放在红豆杉博士处,天桐收服玛奇鱼)
BW36.龙系克星登场!艾莉丝与龙头地鼠!!(龙头地鼠再次服从与信任艾莉丝并学会集气弹) BW37.滚地球!发射光泽电炮!!(小智收服滚地球,并将某一只神奇宝贝寄放在红豆杉博士处) BW38.侦探酒侍天桐!差不多娃娃失踪事件!!
BW39.化石复活!古代怪鸟古翼龙!!J/F(小智的波波鸽归队,并将某一只神奇宝贝寄放在红豆杉博士处)
BW40.索罗亚大电影!神奇宝贝晚夜骑士的传说!!L(路克登场并暂时入队)
BW41.全员集合!东之对战!!T/D/B/C/K/L
BW42.激战东·乔治对战!藤藤蛇VS驹刀小兵!!T/D/B/C/S/G/L(修帝与白露止步16强) BW43.火热的东·乔治对战!导电飞鼠VS打击鬼!!D/B/C/S/G/L(蓝葛雷,天桐与甘尼洋止步8强) BW44决战东·乔治对战!小智对艾莉丝!!D/B/C/S/G/L(路克止步4强,小智决赛落败,艾莉丝夺得冠军和羽毛,牙牙学会龙鳞之怒)
BW45.交涉喵·喵喵!头巾混混说服作战!!R(滑头小子学会飞膝撞,喵喵因任务入队)
BW46.小心扒手猫!喵喵与水水獭!!
BW47.大宇怪与双卵细胞球与梦境小偷!!IE(北尚与南厦登场)
BW48.交涉喵·喵喵!突破冻原熊之森!!R/IE
BW49猛冲!对战地铁!!(前篇)R/IE(喵喵离队并返回火箭队)
BW50.猛冲!对战地铁!!(后篇)R/IE(暖暖猪学会喷射火焰)
BW51.道馆训练家是魅力模特儿!甘蜜雷登场!! B(白露挑战雷文道馆落败)
BW52.雷文道馆!华丽的电击对战!!J(小智得到伏特徽章)
地面系道馆(53~63)
BW53小智、天桐VS地铁大师!!IE(小智、天桐挑战落败)
BW54智VS冠军·阿戴克!!T/A(阿戴克正式登场)
BW55往彩虹的彼端!街头沙铃音乐剧!!
BW56芽吹鹿! 春夏秋冬排列!!
BW57滑头小子与放纵的哥德宝宝!!K(可春登场)
BW58艾莉丝与单首龙!抚养屋修行!!R/E
BW59怪杰敏☆捷虫VS几何雪男!!
BW60天桐与伯特 兄弟对战!爆香猴VS花椰猴!! (花椰猴学会岩石封闭)
BW61龙卷云VS雷电云VS土地云!!(前篇)
BW62龙卷云VS雷电云VS土地云!!(后篇)R
BW63 地底的道馆赛VS压坤!!(小智得到颤抖徽章,石丸子进化成地幔岩并学会岩石爆破和岩石粉碎)
BW64电电虫、电蜘蛛!电气石洞穴!!J/B(石居蟹进化成岩殿居蟹并学会岩石炮)
BW65通信交换进化!骑士蜗牛与敏捷虫!!J/B(红豆杉博士的盖盖虫与白露的小嘴蜗交换,小嘴蜗进化成敏捷虫,盖盖虫进化成骑士蜗牛,红豆杉博士的父亲登场)
BW66黑英雄的遗迹!象征鸟与死神棺!
BW67双打比赛!皮卡丘·混混鳄VS蜈蚣王·蟾蜍王(小智收服戴墨镜的混混鳄)