依据《建筑业企业资质管理规定》第十七条 建筑业企业在资质证书有效期内名称、地址、注册资本、法定代表人等发生变更的，应当在工商部门办理变更手续后30日内办理资质证书变更手续。
第三十五条 建筑业企业未按照本规定及时办理资质证书变更手续的，由县级以上地方人民政府建设主管部门责令限期办理；逾期不办理的，可处以1000元以上1万元以下的罚款。
也就是说，你的这种情况应该是建设主管部门先责令限期改正，逾期未改正的，才可以处以1千元以上，1万元以下的罚款。
这是规定的流程，必须先有责令改正的过程，逾期不改正，才可以罚款。
因此，如果你公司在没有被责令改正的情况下，自主去办理变更，是不应该罚款的。
