有2个区和7个县。截至2019年7月，菏泽市下辖2个区、7个县，分别是：牡丹区、定陶区、曹县、成武县、单县、巨野县、郓城县、鄄城县、东明县。另设有2个开发区。菏泽市人民政府驻牡丹区中华路1111号。
1、牡丹区
位于山东省西南部，地处黄河下游南岸，华北平原的东南边缘。北邻鄄城县，东接郓城县、巨野县，南与定陶区、曹县接壤，西与东明县相连，西北一隅濒临黄河，与河南省濮阳市隔河相望。总面积1450平方千米。截至2019年7月，牡丹区下辖7个街道，12个镇。牡丹区人民政府驻东方红西街999号。
2、定陶区
地处山东省西南部，菏泽市中部。北距菏泽市区20公里，西距世界名城七朝古都开封（汴京，东京）100公里，南与曹县毗连，东与成武县相邻，西与东明县交界，东北与巨野县交界。总面积846平方公里，截至2019年7月，定陶区辖2个街道、10个镇，区政府驻天中街道。
3、曹县
位于山东省西南部，地处鲁豫两省八县（区）交界处。北接牡丹区、定陶县，东邻成武县、单县，南隔黄河故道与河南省商丘市梁园区、民权县相望，西与河南省兰考县、东明县接壤。总面积1967平方公里，占全省面积的0.78%。
截至2019年7月，曹县共辖22个乡镇，5个街道办事处，1个省级经济开发区：开发区、曹城街道办、青菏街道办、磐石街道办、郑庄街道办、倪集街道办、普连集镇、古营集镇、青岗集镇、王集镇、侯集回族镇、苏集镇、孙老家镇、安蔡楼镇、青固集镇、庄寨镇、魏湾镇。
楼庄乡、桃源镇、常乐集镇、韩集镇、砖庙镇、阎店楼镇、大集镇、梁堤头镇、邵庄镇、仵楼乡、朱洪庙乡。
4、鄄城县
位于东经115°19′至115°43′，北纬35°22′至35°43′，北距首都北京510公里，东北至省会济南184公里，南到行署驻地菏泽38公里，鄄城县总面积1042平方公里，南北37公里、东西32公里，占全省面积的0.67%。县委、县政府驻地是古泉街道。
截至2019年7月，鄄城县辖2个街道、12个镇、3个乡：古泉街道、陈王街道、红船镇、闫什镇、什集镇、旧城镇、箕山镇、董口镇、临濮镇、彭楼镇、李进士堂镇、郑营镇、凤凰镇、大埝镇、引马乡、富春乡、左营乡。
5、东明县
位于山东省鲁西南平原、黄河南岸，是黄河进入山东的第一县。位于北纬34°58′～35°25′、东经114°48′～115°16′之间。县境南北最长55公里，东西最宽35公里。东临菏泽市牡丹区、曹县，南与河南省兰考县接壤，西北与河南省长垣县、濮阳县隔河相望，总面积1370平方公里。
截至2019年7月，东明县辖2个街道、10个镇、2个乡：城关街道、渔沃街道、东明集镇、刘楼镇、陆圈镇、马头镇、三春集镇、大屯镇、武胜桥镇、菜园集镇、沙窝镇、小井镇、长兴集乡、焦园乡。共有395个行政村、921个自然村。
参考资料来源：百度百科-菏泽
