股权转让协议印花税税率是万分之五。
股权转让协议印花税税率：
“产权转移书据”税目中“财产所有权”的转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。
因此，应当按照产权转移书据万分之五来贴花。
纳税标准：
《中华人民共和国印花税暂行条例》第二条规定，下列凭证为应纳税凭证：
（一）购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；
（二）产权转移书据；
（三）营业账薄；
（四）权利、许可证照；
（五）经财政部确定征税的其他凭证。
《中华人民共和国印花税暂行条例施行细则》第十条规定“印花税只对税目税率表中列举的凭证和经财政部确定征税的其他凭证征税。”
