根据国务院批复卫生部的“三定”规定，卫生部的职责、内设机构和人员编制作出四项调整调整，其中明确了卫生部管理国家食品药品监督管理局。
卫生部的职责、内设机构和人员编制主要有以下调整：
第一，明确卫生部管理国家食品药品监督管理局和国家中医药管理局。
第二，调整部分职责。将综合协调食品安全、组织查处食品安全重大事故的职责由国家食品药品监督管理局划入卫生部；将食品卫生许可，餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管和保健食品、化妆品卫生监督管理职责由卫生部划给国家食品药品监督管理局；将卫生行业科技成果鉴定工作和多种产品的技术评估工作分别交给市场中介组织和事业单位承担；同时，增加卫生部组织制定食品安全标准、药品法典，建立国家基本药物制度的职责，强化卫生部对医疗服务、公立医疗机构的监管职责。
第三，调整部分内设机构。在卫生部原有内设司局的基础上，增设“医疗服务监管司”和“药物政策与基本药物制度司”，并将“卫生监督局”调整为“食品安全综合协调与卫生监督局”，同时增加了部分行政编制。
第四，明确相关部门在食品安全监管方面的职责分工。“三定”明确规定，卫生部牵头建立食品安全综合协调机制，负责食品安全综合监督；农业部负责农产品生产环节的监管；国家质量监督检验检疫总局负责食品生产加工环节和进出口食品安全的监管；国家工商行政管理总局负责食品流通环节的监管；国家食品药品监督管理局负责餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管；卫生部承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。国务院要求，各部门要密切协同，形成合力，共同做好食品安全监管工作。
按照新的“三定”规定，卫生部的职责发生了重大变化。明确国家食品药品监督管理局改由卫生部管理，理顺了医药之间的工作关系，实现了公共卫生、医疗服务和药品保障管理职能的统一和融合，对于整合医药卫生资源、实现医药统一管理、推动医药卫生体制改革都具有重大意义。此次改革强化了卫生部对卫生事业的宏观管理、法制建设、综合协调，以及对医疗服务、医疗机构的监管职责，将餐饮环节食品安全、保健食品、化妆品的市场监管职责交由国家食品药品监管局，对于转变政府部门职能，推动卫生改革发展都将产生深远的影响。
