砧木品种：要选择具有抗枯萎病、根结线虫等复合抗性，根系发达，生长势强，与接穗亲和力好的品种。如北京市农科院蔬菜研究中心最新培育的果砧1号砧木。
接穗品种：要选择抗病、优质、高产、耐弱光、商品性好、适合当地市场需求的番茄品种作为接穗。如蒙特卡罗、中研988等。
2、播种
一般北京地区冬春茬日光温室嫁接番茄适宜播种期应在12月中旬，砧木和接穗每亩各需20克。嫁接育苗要在有加温设施的日光温室内进行，营养土的配置必须符合番茄砧木及接穗的营养需求，具有疏松、透气、营养全面、保水保肥、无病菌、无虫卵及杂草种子等。一般可以直接采用商品育苗基质，每立方米育苗基质加50%多菌灵可湿性粉剂100克，充分混合。
砧木、接穗种子播种前必须进行种子处理，具体操作方法是（砧木、接穗相同）：用55℃的热温水浸种,并在水中插一支温度计，当水温达到55℃左右时将种子放入水中，不断搅拌，同时还要加入适量开水，以使水温维持55℃，温汤浸种20-30分钟，能将种子表面大部分的病菌杀死。之后用28℃-30℃的温水浸种4-5小时。浸种后将种子捞出，放在干净的湿毛巾或是纱布上包好，包裹种子时要使种子保持松散状态，以保证氧气的供给。番茄种子的适宜催芽温度为25℃-30℃，每天用干净的温水冲洗一遍种子。当大部分种子破嘴露出白色胚根就可进行播种。砧木种子播在50孔穴盘或8×8厘米的营养钵中，接穗种子可直接播在平底穴盘内。
3、嫁接
当砧木、接穗5-6片真叶时即达到了嫁接的最佳时期。嫁接时所需要的用具主要有：遮阳网、托盘、小喷壶、刀片、嫁接夹、清水、杀菌药剂、木板和板凳等。嫁接前一天用50%多菌灵可湿性粉剂800倍喷砧木、接穗，并将苗床浇透水。目前，嫁接番茄主要采用贴接法，操作技术要点是：
削切砧木：将砧木苗从苗床内拿出放在操作台上，在第二片和第三片真叶之间用刀片斜切一刀，砧木苗下部留两片真叶，削成呈30度的斜面，切口斜面长0.6-0.8厘米。
削切接穗：接穗苗上面留两叶一心，将接穗苗的茎在紧邻第三片真叶处用刀片斜切成30度一斜面，斜面的长度在0.6-0.8厘米，尽量与砧木的接口大小接近。
贴接：将削好的接穗苗切口与砧木苗的切口对准形成层，贴合在一起。
固定接口：对好接口后，用嫁接夹子夹住嫁接部位，贴接法要使用方口夹子，将嫁接苗放入已经准备好的小拱棚内，再喷50%多菌灵可湿性粉剂800倍药液，防止病害发生。
