增值税小规模纳税人代开专用发票按3%税率计算销项税。
小规模纳税人到税务局代开增值税专用发票流程：
一、增值税小规模纳税人向一般纳税人销售货物或应税劳务，购货方要求销货方提供增值税专用发票时，税务机关可以为其代开增值税专用发票。
二、提供资料
（一）《税务登记证》副本原件。
（二）到主管国税局办税服务大厅领取并填写《代开发票申请表》一式二份。
（三）购货方《增值税一般纳税人资格证书》复印件或《国税税务登记证》（副本）复印件。
（四）进货发票原件及复印件（销售货物需提供）。
（五）财务专用章或发票专用章印模（国税）。
三、税务机关承诺时限
提供的资料完整、填写内容准确、各项手续齐全的，当场办结。
四、税务机关采取“先缴税、后开发票”办法，普遍采用一窗式服务，即，一个窗口完成缴税、代开发票事项。应纳增值税额=开票金额÷（1+3%）×3%
收到增值税普通发票，小规模和一般纳税人的会计分录是一样的：
借：原材料（或库存商品、固定资产、低值易耗品等科目）
贷：银行存款（或应付账款、预付账款等科目）
收到增值税普通发票，小规模和一般纳税人都不能做进项税额抵扣。
增值税一般纳税人取得普票，因为不是专票，就不能抵扣；小规模纳税人本身就不可以抵扣增值税进项税额。所以，小规模和一般纳税人收到增值税普通发票，只能把进项税额资本化。
增值税抵扣条件
凭证条件
税法规定的扣税凭证有：增值税专用发票，海关完税凭证，免税农产品的收购发票或销售发票，货物运输业统一发票（或者部分实施“营改增”地区的运输业增值税发票）。另外，根据财税[2012]15号通知，自2011年12月1日起，增值税纳税人购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费(以下称二项费用)可在增值税应纳税额中全额抵减。因此，取得购入增值税税控系统增值税专用发票以及税控软件维护费的地税发票也可以抵扣。
时间条件
一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票以及其他需要认证抵扣的发票，必须自该专用发票开具之日起180日内认证，否则，不予抵扣进项税额。
进口货物：一般纳税人取得海关完税凭证，应当在开具之日起90日内后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额；一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关收款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》申请稽核比对，实行“先比对后抵扣”。纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原规定执行。
小规模纳税人不允许抵扣。
