合同当事人在成就合同过程中，对合同的通用条款进行修改或补充，只要是合同当事人真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定的，经合同当事人确认的是有效的合同行为（或有效合同）。
根据《合同法》第七十七条规定 当事人协商一致，可以变更合同。法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。
第五十二条 有下列情形之一的，合同无效：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。
第五十三条 合同中的下列免责条款无效：
（一）造成对方人身伤害的；
（二）因故意或者重大过失造成对方财产损失的。
并在不违反法律或是行政法规等相关要求的情况下，经过一定的协商进行修改或是变更施工合同，对于修改或是变更过的协议与文件，其效力应该高于其它合同文件，签署在后的文件高于签署在前的文件。
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无效合同法律后果
无效合同自始没有法律约束力，不能产生当事人预期的法律后果。根据我国合同法的规定，无效合同的法律后果之一是返还财产，恢复原状。但由于建筑工程施工合同履行结果的特殊性，往往是承包方已经通过施工建设使得建筑材料已经形成在建工程或者甚至是竣工的建筑工程了。
因此建筑工程施工合同无效的情况下，返还财产不太可能性，因此司法解释制定了相对灵活的解决方案：
(一)参照合同约定支付工程价款
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
这里要充分注意，只是“参照合同约定支付工程价款”，而非“按照”合同约定支付工程价款。也就是说支付的工程款不一定是实现约定的那个金额，也没有以工程定额为标准，通过鉴定确定建设工程价值的补偿原则。在这里，司法解释制定者是采用“折价补偿”的方式处理无效合同的。
(二)承包人承担修复费用
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格，但是修复后的建设工程经竣工验收合格的，发包人请求承包人承担修复费用的，法院应予支持。
(三)不予支付工程款
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
(四)发包人按照过错承担相应的民事责任
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
(五)收缴当事人已经取得的非法所得
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定：
在承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同，导致建设工程施工合同无效的，人民法院可以根据民法通则第一百三十四条规定，收缴当事人已经取得的非法所得。
(六)施工中取得资质的，按照有效合同处理
在超越资质等级的建设工程施工合同无效的场合下，如果承包人签约之时超越资质等级许可的业务范围签订建设工程施工合同，但是在建设工程竣工前取得相应资质等级，当事人请求按照无效合同处理的，法院不予支持。
参考资料来源：百度百科_施工合同
