加湿器中加入的水源可以使用纯净水或者蒸馏水、凉白开等。经过处理过的水中，细菌含量少，杂质含量少，不会因为水质不洁而导致呼吸道受损。
我国的自来水由于城市管网老化，自来水标准等原因导致水中含有一些矿物质和碱性物质，长期使用加湿器以后，水中的矿物质会沉积在加湿器的蒸发部分，导致损坏，碱性物质的侵袭也会导致加湿器功能受损。而且自来水中残存的氯成分和微生物也会随着水汽挥发到空气中，污染空气，被人体吸入影响健康。对于有些地区的水质硬度较大，水中含有大量的钙镁离子，这些成分在加湿的过程中会挥发到空气中，产生白色粉末，污染空气，而且导致家具油漆损坏、光泽度降低等问题。
