应该合并在一起扣税，个人所得税按照当月工资总额计算。奖金属于工资。
应纳税所得额 = 工资收入金额 － 各项社会保险费 － 起征点(3500元) 应纳税额 = 应纳税所得额 x 税率 － 速算扣除数。
说明：如果计算的是外籍人士（包括港、澳、台）。
一、员工每月工资薪金收入扣除“五险一金”后，超过5000元，要计算缴纳个人所得税。
二、工资薪金个人所得税的计算
(一)每月取得工资收入后，先减去个人承担的基本养老保险金、医疗保险金、失业保险金，以及按省级政府规定标准缴纳的住房公积金，
再减去费用扣除额3500元/月（来源于境外的所得以及外籍人员、华侨和香港、澳门、台湾同胞在中国境内的所得每月还可附加减除费用3200元），为应纳税所得额，按3%至45%的九级超额累进税率计算缴纳个人所得税。
(二)计算公式：
应纳个人所得税税额=应纳税所得额 * 适用税率 - 速算扣除数；
应纳税额=工资薪金收入-3500-“三险一金”；
以3500元作为起征点取代过去2000元的新《个人所得税法》已施行。
来自国家税务总局的扣除标准实施细则表明，除13500元之外，税前扣除的项目还包括三大类。
一是国家规定的三险一金，即养老保险、医疗保险、失业保险和住房公积金；
二是单位给予的5种补助费用，即个人取得的独生子女补贴、托儿补助费，市内交通费、书报费和洗理费；
三是退休职工的工资和两院院士津贴等特殊津贴。
其中的书报费和洗理费等几种补贴，一定要在北京市财政规定的费用标准之内才能免税，如果单位超额发放、超出的部分一样要缴纳个人所得税。
(三)工资、薪金不含税收入适用税率表：
税前工资－3500)×税率=个人所得税税额；
级数 含税级距 税率% 速算扣除数。
扩展资料：
税种：
一、所得税：
所得税包括个人所得税（个税）和企业所得税。
二、个人所得税：
义务人：
（1）居民纳税人：A.境内有住所 B.境内居住满一年
（2）非居民纳税人：境内无住所又不居住或者居住不满一年
居民纳税人具有无限纳税义务，非居民纳税人仅境内所得纳税
针对个人收入的一种税。税前月薪18000元，对应的个人所得税为2337.64元。
个人所得税起征点：2011年调整为3500元。
三、企业所得税：
企业所得税的税率即据以计算企业所得税应纳税额的法定比率。根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》的规定，2008年新的《中华人民共和国所得税法》规定一般企业所得税的税率为25%。
四、增值税：
针对生产、经营过程中实现的增值额的一种税。购买500元的书籍和200元的CD唱片，价格中就包含了87元增值税（500/1.13 ×13% + 200/1.17 × 17%，图书的增值税税率为13%，电子音像制品增值税税率为17%）。
此外，农产品增值税税率为13%，服务业“营改增”的增值税一般纳税人税率暂定为6%、11%、17%三档（有形动产租赁为17%）。
增值税小规模纳税人税率为3%，不得认证抵扣。
五、消费税：
针对11种消费品的一种税。100ml的女士香水Chanel CoCo，市场售价为1480元。其中包含了17%的增值税215元，30%的消费税380元，以及城市维护建设税41.6元，总计636.6元，接近商品价格的一半。
每一瓶进口葡萄酒身上都有三种税：关税14%、消费税10%、增值税17%。
六、营业税：
针对经营活动营业额的一种税。在餐馆吃顿200元的饭，其中包含5%的营业税10元。
个人出售不动产也要征收营业税，税率为5%。150万的价格卖出一套原价为100万的房产，营业税为7.5万。
另外，还要对50万的利润征收4.5万的个人所得税（税法规定的税率为利润的20%，但实际缴纳时通常按售价的1%-3%缴纳）。
七、城建税：
全称城市维护建设税。是为筹集城镇建设维护资金而征收的一种税，金额为增值税、消费税和营业税税额之和的7%。
在市区的商店，购买一套100元的CD唱片，其中的增值税约为14.5元，对应的城市维护建设税为1.02元（14.5×7%）
八、关税：
针对进出口商品的一种税，属于流转税。个人随身携带苹果公司的iPad入境，会被征收关税。根据海关规定，iPad属于笔记本电脑类产品，应该按照5000元的标准，征收20%（即1000元人民币）的关税。
九、车辆购置税：
针对新购车辆的一种税。日本生产的"斯巴鲁森林人"汽车，到岸价20万元，先征收25%的关税5万元，然后再征收消费税1万元和增值税4.42万元，此时该车价格已经超过30万元了。
消费者购车时，还需另行支付10%的车辆购置税3万元。2009年，政府对1.6升以下排量乘用车减按5%（原比例为10%）征收车辆购置税。2010年，优惠幅度从5%又调整为7.5%。
参考资料来源：百度百科——交税
