因为蔡邕在王允坐上感叹董卓被杀，所以王允杀了蔡邕。
初平三年董卓被诛杀，蔡邕在司徒王允坐上，不知不觉说起董卓来，并为之叹息，脸色都变了。王允勃然大怒，呵斥他说董卓，是国家的大贼，差点倾覆了汉室。
你作为臣子，应该一同愤恨，但你却想着自己受到的礼遇，忘记了操守，现在上天诛杀了有罪的人，你却反而为他感到伤痛，这难道不是和他一同作为逆贼吗。
并随之将蔡邕收押交给廷尉治罪。蔡邕递上辞表道歉，请求受到刻额染墨、截断双脚的刑罚，以求继续完成汉史。士大夫大多同情并想要救他，没有成功。
太尉马日磾听说后，急忙前往对王允说伯喈是旷世的奇才，清楚很多汉朝的事，应当让他续写解决后边的历史，让它成为一代重要的典籍。
而且他忠诚孝顺的名声一向显著，获罪也没有缘由，杀了他岂不是会丧失威望吗，王允说：“过去汉武帝不杀司马迁，让他写出毁谤的书，流传于后世。
现今国家中途衰落，政权不稳固，不能让奸邪谄媚的臣子在幼主旁边写文章。这既不能增益圣上的仁德，又令我们蒙受毁谤议论。
马日磾离去后告诉别人说王允大概不能长久于世吧。有道德的人，是国家的纲纪。写作，是国家的典籍。废弃了纲纪与典籍，难道还能长久吗，蔡邕于是死在了监狱里。
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蔡邕是汉代最后一位辞赋大家。其所作赋绝大多数为小赋，取材多样，切近生活，语言清新，往往直抒胸臆，富于世态人情，很有艺术的感染力，其中代表作品为《述行赋》。
全赋短小精悍，感情沉痛，批判深刻，情辞俱佳，是汉末抒情小赋的力作。他小赋的题材多样，他甚至用以表现男女情爱，风格大胆而直率。
《青衣赋》就是相当感人的作品。在这篇言情小赋中，他真实地坦露了对一位出身微贱的美女的爱情，以真挚的感情，表现了人情与封建礼法的矛盾撞击。
蔡邕的散文长于碑记，工整黄雅，多用排偶，旧时颇受推重。蔡邕收集汉朝历史，没有看见写下来作后史。
只有所作《灵纪》及十意，又补诸列传四十二篇，因李傕作乱散失，大多没有保存下来。所著诗、赋、碑、诔、铭、赞，连珠、箴、吊、论议。
《独断》、《劝学》、《释诲》、《叙乐》、《女训》、《篆执》，祝文、章表、书记，共104篇传于世。
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