（1）温度管理播种后出苗前应保持苗床较高的温度，促及时出苗。此期苗床白天温度保持25～30℃，夜间温度保持20℃以上。
用托巴姆作砧时，由于该砧发芽需要较高的温度，其苗床的温度要比其他砧木适当提高2～3℃。出苗后降低温度，延缓苗茎的生长速度，使苗茎变的粗壮，此期苗床白天的温度应保持在25～28℃，夜间温度下降到12℃左右，使昼夜温度保持10℃以上的大温差。
砧木苗分栽于育苗钵或分苗床内后，要适当提高温度，促苗生根，尽快恢复生长。通常栽苗后的一周内，白天温度要保持在28℃以上，夜间温度应不低于20℃。砧木苗恢复生长后把夜温降低到15℃左右。用托巴姆作砧时，由于该砧生长比较缓慢，对温度要求比较高，要将苗床的昼夜温度分别提高2～3℃。（2）湿度管理辣椒性较喜湿，应保证水分供应。一般从播种到分苗前，低温期育苗浇水1～2次。分苗后至嫁接前要适当控制浇水量（特别是砧木苗），促根系生长，增强辣椒苗的耐旱能力。整个育苗期间要勤通风，特别是苗床浇水后的几天里要加大通风量。（3）间苗和分苗密集播种法的播种密度大，出苗后容易出现辣椒苗拥挤现象，不仅使苗茎弯曲影响嫁接，而且辣椒苗间相互遮光，也容易导致苗茎生长过快，形成茎细叶小的高脚弱苗。因此，出苗后应及时间苗，使辣椒苗间保持一定大小的间距。
间苗一般于齐苗后开始。间苗时把紧靠在一起的双株苗、多株苗间删去其中的小苗、黄叶苗、畸形苗及出土晚的苗等，使苗间距保持2厘米左右。育苗量不足时，可把间出的苗另修一苗床栽好培养。
真叶长出后进行分苗。分苗的适宜时期是辣椒苗长出1～2片真叶。低温期分苗要选在晴天进行。分苗的前一天，根据苗床的干湿情况将苗床适当浇水，使床土保持湿润，以便于分苗时带土起苗，减少伤根。起苗时，苗根要尽量多带土。砧木苗栽入育苗钵内，每钵栽一株苗，栽苗深与原土印平或稍深一些，栽后浇透水。为便于苗床管理以及保持砧木苗的大小整齐一致，栽苗时，应把大小相近的苗栽到一起，并集中到同一苗床中培养。（4）光照管理应保持苗床充足的光照，光照不足时苗茎细长、不壮，细软，不方便嫁接。低温期育苗光照不足时，要采取人工补光措施，使每天的光照时数保持在12小时以上。（5）病虫害防治大部分种子出苗后，将苗床均匀喷洒一遍500倍的多菌灵或杀毒矾、甲基托布津、普力克等，也可以用1000倍的高锰酸钾溶液浇灌育苗行，进行防病。如果苗床湿度过大，还可以用苗菌敌、多菌灵、杀毒矾等农药拌药土撒盖于畦面上防病。
