一、分子式不同
1、维生素B1：分子式为C₁₂H₁₇ClN₄OS·HCl。
2、维生素B2：分子式为C₁₇H₂0N₄O₆。
二、性质不同
1、维生素B1：有微弱特臭、味苦，有潮解性。熔点248℃，易溶于水，微溶于乙醇，不溶于醚和苯中。
2、维生素B2：水溶性维生素，但微溶于水，在27.5℃下，溶解度为12mg/100mL。可溶于氯化钠溶液，易溶于稀的氢氧化钠溶液，在碱性溶液中容易溶解，在强酸溶液中稳定。耐热、耐氧化。光照及紫外照射引起不可逆的分解。
三、作用不同
1、维生素B1：具有维持正常糖代谢的作用。
2、维生素B2：主要参与的生化反应有呼吸链能量产生，氨基酸、脂类氧化，嘌呤碱转化为尿酸，芳香族化合物的羟化，蛋白质与某些激素的合成，铁的转运、储存及动员，参与叶酸、吡多醛、尼克酸的代谢等。
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