GERD患者出现重度食管炎、出血、狭窄、存在食管旁疝及该种疝的并发症、Barrett食管等，均是手术治疗对象。
GERD手术治疗的结果应是：①持久而完全地缓解全部症状，消除反流引起的并发症。②需要时能随意嗳气，以缓解胃胀气。
③必要时能呕吐。④24小时食管pH监测证明反流已被控制。⑤手术后患者恢复正常生活，不再需要药物治疗，能平卧睡眠而不需改变体位，不必再严格控制饮食。
（1）适应证：①GERD的重大并发症，如重度食管炎（Savary-MillerⅢ或Ⅳ级以上）、食管狭窄扩张疗法失败者，短食管。②充分而系统的药物治疗，历时半年或1年以上不能缓解反流症状和消除并发症者。③食管运动障碍性疾病（如贲门失弛症）行贲门肌层切开术，为了防止日后的胃食管反流。④经下咽部或UES下方电极pH监测证实，反复发作的喉部和肺部并发症确由反流引起，以及反流引起的哮喘发作。⑤儿童的胃食管反流引起并发症，特别是频繁发作的肺部并发症。⑥手术后复发，并有严重反流症状者。⑦食管旁疝。
⑧Barrett食管，有反流症状，药物治疗不成功者；细胞有重度异型改变或癌变。⑨上腹部疾患与有症状的胃食管反流同时存在。
（2）禁忌证：①内科治疗不充分。②缺乏反流的客观事实，特别是内镜检查和食管24小时pH监测的证据。③症状是否由胃食管反流引起尚难肯定，目前症状不排除是由心绞痛、胃本身疾患或胆系疾患引起。④有精神症状的非胃食管反流患者，患者有疑似反流的症状，同时见到他人有抗反流手术治疗成功的经过，而要求手术治疗。⑤仅有胃食管反流而无并发症。⑥无症状的滑动性食管裂孔疝。
（3）常见并发症：
①胃轻瘫：是因术中迷走神经损伤引起，单侧损伤多影响不大，双侧损伤则可引起胃停滞。如在术中能发现有此情况，除了胃底折叠术之外，可加做幽门成形术或幽门肌层切开术，后者较少产生术后十二指肠胃反流。迷走神经损伤可引起术后顽固性腹泻，称为“迷走神经切断后腹泻”，颇难纠正。
②吞咽困难：有许多因素可引起术后吞咽困难，异常的食管运动（IEM）即可有吞咽困难症状。
③反流：典型情况下，反流复发是未能确认短食管的存在，故缝合过紧，使折叠部分术后疝入胸内，或撕脱。缝合封闭膈脚是抗反流手术十分重要的一步，绝对不能省略，文献报道，不少手术者不缝合膈裂孔，常招致术后复发。
④胃缺血和穿孔：文献指出，在短食管的情况下，行胃底折叠时，把胃底留置胸内，有20%的患者发生胃缺血和穿孔，胃缺血与膈裂孔紧缩并压迫通过膈裂孔之胃血管有关。任何胸内胃底折叠术均为一危险做法，应予避免。
⑤气顶综合征（GBS）：在典型情况下多发生于全周胃底折叠术之后。患者感觉胀饱，不能嗳气以缓解胃胀。DeMeestet等发现，轻度GBS见于11%～23%的抗反流手术之后。GERD患者的胃胀亦可能与过多吞咽空气以清除酸性反流物有关，并成为习惯。
