刑事诉讼法第27条规定：“专门人民法院案件的管辖另行规定。”在司法实践中，军事法院管辖的刑事案件，主要是现役军人和军内在编职工违反刑法分则第十章，犯军人违反职责罪的犯罪案件。另外司法实践中，存在军队和地方互涉案件的管辖权争议问题，应该依据相关的司法解释，分别不同情况处理：
1.现役军人(含军内在编职工，下同)和非军人共同犯罪的，分别由军事法院和地方人民法院管辖;涉及国家军事秘密的，全案由军事法院管辖。
2.地方人民法院或者军事法院以外的其他专门法院管辖以下案件：
(1)非军人、随军家属在部队营区犯罪的
(2)军人在办理退役手续后犯罪的
(3)现役军人入伍前犯罪的(需与服役期内犯罪一并审判的除外)
(4)退役军人在服役期内犯罪的(犯军人违反职责罪的除外)。
