港澳通行证和商务签证在出境原因上，签发机关上，种类上，申请材料上，可以使用的国家地区上有区别，下面分别介绍他们的区别：
1、出境原因不同
港澳通行证，俗称双程证，持有港澳通行证的人可以去香港澳门旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动。
商务签证主要指有关人员因公务或者个人原因去目的地国家从事投资、贸易、会议、展览、劳务等方面事务所进行的实地考察或洽谈。这类人员进入目的地国时需持商务访问签证。
2、签发机关不同
2019年4月1日起，来港澳通行证、往来台湾通行证等出入境证件实行“全国通办”，即内地居民可在全国任一出入境管理窗口申请办理出入境证件，申办手续与户籍地一致。
商务签证由要去的国家的大使馆，领事馆，或者移民局签发的办公室办理。
3、种类不同
港澳通行证分为个人旅游、团队旅游、探亲、商务、其他、逗留等种类，商务签证只有一种。
4、申请材料不同
港澳通行证首次办理须本人至当地的出入境管理处提交申请，申请材料有居民身份证及复印件以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张等。
商务签证的申请材料有份填写好的短期签证申请表，表格上贴近照一张、护照有效期需超过所申请签证有效期三个月，并附护照个人资料页复印件一份；、中方公司出具的正式介绍信;外国的邀请函等。
5、可使用的国家不同
港澳通行证用在香港，澳门，台湾这些特别行政区。
商务签证可以用在要去商务考察目的地国家，除中国以外的国家。
参考资料来源：百度搜索-中华人民共和国往来港澳通行证
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国往来港澳通行证
