首先，性质上有不同。生育保险是国家通过立法，在怀孕和分娩的妇女劳动者暂时中断劳动时，由国家和社会提供医疗服务、生育津贴和产假的一种社会保险制度，国家或社会对生育的职工给予必要的经济补偿和医疗保健的社会保险制度。
而生育基金是指准备生小孩的小两口为了生养宝宝而进行的经济和知识储备。经济上主要有宝宝成长所需要的奶粉钱、穿着打扮费用等，更为重要的是宝宝的教育投入费用项目。当然，还有妈妈的身体养护费用。
其次，使用上的差别
在生育基金的使用条件
生育基金的使用各地的规定是不同的。按照不同的地区规定，使用生育基金的条件是：怀孕之前的**个月，在需要使用生育基金的所在地连续缴纳生育基金。否则不能使用。
男女职工的生育基金报销比例不同。
女职工在满足生育基金使用条件后，根据地区规定，能够报销产检费用的上限来报销相关费用。如女职工不满足条件或失业，则在可在男职工的单位报销相关费用上限的50%。
而生育保险在使用上，包括生育医疗费用和生育津贴。
1、生育医疗费。
女职工生育的检查费、接生费、手术费、住院费和药费由生育保险基金支付。超出规定的医疗业务费和药费（含自费药品和营养药品的药费）由职工个人负担。
女职工生育出院后，因生育引起疾病的医疗费，由生育保险基金支付；其它疾病的医疗费，按照医疗保险待遇的规定办理。女职工产假期满后，因病需要休息治疗的，按照有关病假待遇和医疗保险待遇规定办理。
2、生育津贴。
女职工依法享受产假期间的生育津贴，按本企业上年度职工月平均工资计发，由生育保险基金支付。
