根据上述职责，市教育局设12个内设机构：
（一）办公室（挂国际交流合作处牌子）。
综合协调局机关日常工作；建立健全机关各项规章制度；协调实施年度工作目标责任制；承办机关文电、重要会务、机要、信访、政务信息、宣传、档案、保密、提案议案、行政后勤等日常工作；指导、协调全市教育系统的国际交流与合作以及与港澳台地区的交流与合作，做好汉语言的国际推广；管理直属学校（单位）的国际交流与合作以及与港澳台地区的交流与合作。
（二）组织处。
承担局机关机构编制、组织人事、队伍建设等工作；承担直属学校（单位）干部队伍建设和党建工作；承担在杭部分民办高职院校和专修学院的党建工作；承担全市中小学、幼儿园的干部培训工作；承担统筹教育人才工作；承担局机关离退休人员的管理服务工作，指导直属学校（单位）离退休干部的管理服务工作。
（三）宣传与德育处。
承担教育系统党的路线、方针、政策的宣传工作，指导各级各类学校精神文明建设；管理和指导直属学校（单位）和全市中小学教职工的政治思想、德育工作；指导推进普法宣传、教育工作；联系教育工会，指导教育系统妇女工作。
（四）人事处。
规划、指导全市中小学、幼儿园教师队伍建设；承担直属学校（单位）的机构编制、人事管理等工作；承担全市中小学、幼儿园（单位）的专业技术资格评审工作；指导直属学校（单位）退休教职工的管理服务工作。
（五）政策法规处。
承担教育地方性法规和政府规章草案的起草工作；承担教育改革和发展重大问题的调查研究工作，牵头制定全市教育事业发展规划；指导推进依法行政、依法治教、依法治校工作；承担相关行政复议、行政应诉、行政处罚听证等工作；承担本部门行政规范性文件的审查工作；承担教育法律法规执行情况的监督检查工作。
（六）计划基建财务处。
参与制定全市教育事业发展规划，指导全市各级各类学校的布局调整工作；监测全市教育经费筹措和使用情况，承担本部门教育经费的筹措、使用和管理工作；会同有关部门管理公办中小学、幼儿园收费工作；监督管理直属学校（单位）的国有资产；指导全市教育系统内部审计工作，对直属学校（单位）实施内部审计；承担全市教育事业统计工作；指导全市中小学校、幼儿园基本建设及校舍改造工作，指导全市学校（单位）教育技术装备工作；指导全市奖学助学、勤工俭学以及学校后勤管理服务工作；承担学校爱国卫生工作。
（七）安全保卫处。
承担直属学校（单位）的安全保卫和综合治理工作；指导各级各类学校做好维护校园安全稳定和相关安全教育、演练工作；分解落实全市校园安全监管职责，制定学校突发事件处置预案并指导落实；组织、协调涉及校园重大安全事故的调查处理工作。
（八）高教师范处（挂语言文字管理处牌子）。
统筹和指导市属高校事业发展重大项目的规划、管理工作；承担“市政府来华留学生奖学金”的相关工作；统筹规划和指导中小学、幼儿园教师专业发展培训工作，组织实施直属学校教师培训和市级骨干教师培训工作；承担教师培训机构的监管和指导工作；指导中小学、幼儿园教师资格认定工作；参与管理部分在杭专修学院；协调管理现代远程教育试点高校在杭设立的校外学习中心；承担市语言文字工作委员会办公室的日常工作。
（九）高中教育处。
参与制定全市高中教育事业发展规划，指导、协调、管理全市普通高中教育和中等职业教育工作；参与做好全市普通高中、中等职业学校的布局（专业）调整工作；牵头承担市区普通高中、中等职业学校设置、更名、撤销与调整的办学审批工作；承担全市中等职业学校新设专业的审核工作；承担市区并指导全市普通高中、中等职业学校的招生、学籍管理工作；指导、协调和督查全市普通高中、中等职业学校贯彻教育方针、执行教学计划、开展教育教学改革以及德育、体育、卫生、科技、艺术、劳动技能和国防教育等工作；承担市区实施高中段学历教育的民办学校、教育网校的相关行政许可、监管和指导工作。
（十）初中初等教育处。
参与制定全市九年义务教育、学前教育事业发展规划；指导、协调和管理全市九年义务教育、学前教育、特殊教育工作；参与做好全市初中、小学、幼儿园布局调整工作；指导、协调市区初中、小学、幼儿园招生和学籍管理工作；指导、协调和督查全市义务教育阶段学校、幼儿园贯彻教育方针、执行教学计划、开展教育教学改革以及德育、体育、卫生、科技、艺术、劳动技能和国防教育等工作；指导实施义务教育段民办学校、民办幼儿园的教育工作。
（十一）成人教育处。
统筹管理全市成人教育工作，协调、指导社区教育、农村成人教育工作；承担管理成人中等学历教育和成人教育统计工作；指导非学历教育的各类培训，协调和指导全市民办培训学校的管理工作。
（十二）督导处。
对全市贯彻教育方针政策和法律法规情况进行督导检查；对下级人民政府教育工作以及教育行政部门和学校（幼儿园）工作进行监督、检查、评估和指导；指导区、县（市）教育督导工作；承担市人民政府教育督导室的日常工作。
机关党委。负责局机关的党建工作。
