《沙漏》在玩法上有相当多的闪光点。以往的ds游戏通常是以按键为辅，触屏为辅，但《沙漏》颠覆了ds作品的这种套路——用触屏全程操作，按键几乎全部成为了快捷键和摆设。除去基本的操作，玩家在游戏中还会遇到写写画画类的谜题——比如在屏幕上画出特定的文字，纹章图案，甚至画出一座小岛的全貌。在大海上的时候，玩家也需要亲自在海图上为轮船画出航路，钓鱼时用触摸笔拉动钓竿，打捞时触摸调节打捞臂等。
除了操作的区别，《沙漏》给塞尔达系列作品引进了一些新颖的设计。
眩晕设计：《沙漏》的林克有一些历代林克都没有的特性。在游戏中如果让林克连续滚动四次，或者连续释放四次回旋斩，林克就会在原地眩晕一阵，样子非常可爱和人性化。这个设计在后作《灵魂轨迹》得到了继承。
拼剑设计：在游戏中和一些敌人战斗的时候（朱莉安，最后形态贝拉姆），林克会在战斗中和敌人拼剑；出现这种情况的时候，玩家需要在屏幕上一通乱划，用划屏速度取得拼剑的胜利，弹开对方的武器。这个设计是系列第一次出现；不仅是在战斗时候，当林克被怪物吃掉/黏住的时候，也需要用这种方式来挣脱开。这个设计在后作《灵魂轨迹》一样得到了继承。
海王神殿：“海王神殿”是本作游戏中一座重要的神殿。在主线流程里，林克要反复到这座神殿冒险，不断探索更深处的楼层。海王神殿是会吸取探险者生命的神殿，林克只有在道具“幻影沙漏”的保护下才能安全在神殿中前进——直到沙漏的沙子流光为止。换句话说，林克在这座神殿中的冒险，是有时间限制的。除此之外，神殿中还存在着名为“幻影骑士”的生物，这种生物一旦发现林克就会追赶并攻击，林克只能被动地躲避。这是塞尔达传说系列第一次在游戏中大幅度使用“限时潜入”这一要素；对于这个设计的评价众说不一，一些玩家认为海王神殿通过的楼层还要重新解谜实在太过繁琐，但一些玩家又认为海王神殿中存在的诸多捷径和走法才是《沙漏》的精髓。
地图，海图设定：《沙漏》的地图系统是历代最完善的地图系统。在历代作品中，地图只能供我们用眼睛去看，而《沙漏》颠覆了这一点。本作的地图和海图是可以显示在ds的触摸屏上的，玩家可以用触摸笔在地图上写写画画，记录一些重要的事项——比如暂时无法拿到的宝箱，打击按钮需要的顺序，传送需要画的符号，甚至一些迷宫的走法。在游戏中存在着看不见地板的迷宫，在地图上画出路线才会移动的平台，甚至还有必须以特定航路才能通过的迷雾海域；这些都是必须使用地图才能够解开的谜题。这个设定在《沙漏》的后作《灵魂轨迹》中得到了继承，就连后来其它平台上的作品，《天空之剑》和《众神的三角力量2》也都存在在地图上标记的这种设定。
三精灵设定：《沙漏》中侍奉海王大人的三只精灵，利芙，内利和雪拉，在林克的冒险中可以帮不少的忙。游戏中有一座有神秘水池的岛屿，在水池前献上足够的源玉（力量源玉，智慧源玉，勇气源玉），就可以让精灵们帮忙强化林克的能力了。献上10个任意种类的源玉，林克就能获得那个精灵一半的能力的帮助；献上20个，林克就能获得那个精灵全力的帮助——只要在献上源玉之后，在收集物菜单选择一只想要使用的精灵即可。利芙（对应力量）可以给林克剑上带火，增强他攻击的威力；内利（对应智慧）可以增强林克的防御，并让他用盾击可以击晕小怪；雪拉（对应勇气）则是可以让林克的普通斩击带上远程攻击的剑气波效果。这是系列第一次出现这种强化林克能力的方式的设定。
多人游戏：《沙漏》中存在着靠联机，联网来进行的对战模式，算是系列第一次出现这样的模式——以前作品的联机方式需要多个卡带和联机线，联动条件十分苛刻；而利用ds的新系统，两个玩家有一个卡带就可以通过dsdownloadplay进行对战了。在对战模式中，两位玩家将会轮流扮演林克和幻影骑士的角色，互相抢夺三角力量的碎片；游戏中还存在一个成就系统，在联机模式中以特定情况胜利就可以获得成就——这个设计在后来的《众神2》得到了继承。除此之外，《沙漏》还有两个玩家互相交换宝物的设计，只不过因为宝物在《沙漏》中的用途非常小，这个设计实际上没什么价值。
船部件系统：包括最初始的样式，游戏中存在着八种船的样式，每一种样式都分为船头，栏杆，船舱，船身，船桨，大炮，船锚和烟囱八个部件。在梅卢卡岛的造船厂可以更换船部件，如果能把初始样式之外的某一种样式集齐在船上，船的整体防御（在游戏中以心的数量显示）就会加强，从开始的四颗心，最多可以加到八颗心。这个设计在后作《轨迹》也有继承。不过这个设计的诟病也是有的——除了增加血量，船部件就基本上是没用，并且收集起来完全是随机碰运气得到，缺乏一些含量。
