您好！今年年初我也住过院，花费是1w3千多！我自己出了6000多（我是大学生，社保卡里面没钱，o(╯□╰)o囧）。具体我也问过了，下面一一回答你的问题吧。
自付的1000应该只是押金，具体要等出院结算。那时候才知道你还要补多少给医院。
还有你工作了公司应该会给你交医保社保，所以你的社保卡里面是有钱的。（称之为小金库）
当我们使用社保卡住院后，先自付一定押金。然后医院会首先扣我们的“小金库”，直到扣完了。。。。在进入统筹报销（国家的大金库）。
至于报销部分问题，如果你用的是社保卡住院，2万以下医院会直接帮你报销的，不需要到社保公司，这个我上次问过了。报销比例与我们所使用的药物有关，报销比例并不是固定的。
然后说一下你所关心的，如果卡内余额不够，它会怎么扣钱：
我们先就你的5000为例子吧，计入你的卡内只有1000，假如报销比例为百分之五十（报销比例由每个地方，还有所使用药物种类所决定的）。
假设你社保卡内的钱是1000块，实际上可以看成2000（社保帮你付另一半），这样子超出部分3000再进入国家医保统筹报销。统筹比例和我们之前的差不多，所以这3000中有1500要我们自己付，你之前已经交了1000，所以出院的时候大概会让你补500左右。
简单说：报销是通过医保公司和医院自动联网，小金额（2万以下）是可以直接报的。还有住院消费总额乘以医保比例得出的实际应支付总额，首先从社保卡中扣，不够部分就是我们付。
对了，还要提醒一句：报销比例和你所在医院等级也有关系，我当初的是三级乙等医院。
回答完毕，但愿对您有帮助！祝您早日康复，(*^__^*) 嘻嘻……
