未成年轻伤二级有协议谅解书可以不起诉。
《最高人民检察院一厅关于办理免诉案件的质量标准》规定：（三）根据刑事诉讼法第一百四十二条第二款决定不起诉的案件人民检察院对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，经检察委员会讨论决定，可以作出不起诉决定。
对符合上述条件，同时具有下列情形之一的，依法决定不起诉：
1．未成年犯罪嫌疑人、老年犯罪嫌疑人，主观恶性较小、社会危害不大的；
2．因亲友、邻里及同学同事之间纠纷引发的轻微犯罪中的犯罪嫌疑人，认罪悔过、赔礼道歉、积极赔偿损失并得到被害人谅解或者双方达成和解并切实履行，社会危害不大的；
3．初次实施轻微犯罪的犯罪嫌疑人，主观恶性较小的；
4．因生活无着偶然实施盗窃等轻微犯罪的犯罪嫌疑人，人身危险性不大的；
5．群体性事件引起的刑事犯罪中的犯罪嫌疑人，属于一般参与者的。
