一、外形特征不同
1、石金钱龟：黄喉拟水龟背甲扁平，棕黄绿色或棕黑色，具三条脊棱，中央的一条较明显，后缘略呈锯齿状。腹甲黄色，每一块盾片外侧有大墨渍斑。四肢较扁，外侧棕灰色，内侧黄色，前肢五指，后肢四趾，指趾间有蹼，尾细短。
2、金钱龟：三线闭壳龟头较细长，头顶部光滑无鳞，吻钝，上喙略勾曲，喉部、颈部呈浅橘红色，头两侧眼后具棱形褐斑块。头背部蜡黄色，背甲红棕色，有3条黑色纵纹，似“川”字且中央的条纹较长（幼体无），背甲前后缘光滑不呈锯齿状。腹甲黑色，边缘为黄色。
二、生活习性不同
1、石金钱龟：野生的黄喉拟水龟栖息于丘陵地带，半山区的山涧盆地和河流水域中，野外生活于河流、稻田及湖泊中，也常到附近的灌木及草丛中活动，白天多在水中戏游，觅食，晴天喜在陆地上，有时趴在岸边晒太阳。天气炎热时，常躲于水中、暗处或埋入沙中，缩头不动。
2、金钱龟：三线闭壳龟用肺呼吸，营水、陆两栖生活。多生活在山区和丘陵地带的峡谷、小溪、河叉、湖泊中，有时也爬到潮湿的山涧、草丛及稻田内活动。晴朗天气喜在陆地上晒太阳，而天气炎热时则大部分藏于暗处，有群居、穴居习性。
三、分布不同
1、石金钱龟：在我国，主要分布于安徽、福建、台湾、江苏、广西、广东、云南、海南、香港等地；在国外，主要分布于越南等国。
2、金钱龟：分布于我国广东、广西、海南、福建、香港等省区及东南亚国家。
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