C盘Windows文件夹中的 是共享文件的安装一目录，而system32文件是系统核心文件就安装在system的文件夹内。
具体有什么作用如果这文件不能运行系统就无法运行。
下面具体说下：C:\WINDOWS\system32...
这个 system32 文件夹中包含了大量的用于 Windows 的文件. 这里主要用于存储 DLL 文件, 控制面板小程序(.CPL), 设备驱动 (.drv), 帮助文件 (.hlp 和 .cnt), MS-DOS 工具 (.com), 语言支持文件 (.nls), 屏幕保护 (.scr), 安装信息文件 (.inf), 以及其它用于支持, 配置, 或操作的文件
system32: 32位的系统文件夹，其中有很多虚拟设备文件（扩展名为VXD），随意删除它们会引起系统出错甚至崩溃
system : 这是系统文件夹，存放了系统中的重要文件（如DLL文件等），一些软件在安装时也会向该文件夹复制文件，因此，随着安装的软件的增加，此文件夹中的内容也会越来越多。该文件夹内的文件一般不要轻易删除，否则会导致系统错误。
区别与联系System和System32：尽管这两个文件夹在Win9X/Me中也有，但是，Win2000/XP中几乎所有的系统文件都放在System32下，而system下只存放一些16位的驱动程序及一些软件的共享运行库
