患者或者家属决定就医疗损害向法院起诉时，面临的另一个重要问题是向哪个法院起诉，即如何确定案件的管辖法院。
案例：1998年11月，杜某在某医院剖腹产一对双胞胎，孩子6个月大后，杜某发现老大发育明显异常，多次到医院检查，确诊为重度脑瘫，专家认为与出生后窒息有关。杜某遂提起医疗事故技术鉴定，2001年2月，北京市医疗事故鉴定委员会出具鉴定书，认为医院诊疗护理不当与患儿出现的重症脑瘫、智力低下有一定的关系，属于三级医疗技术事故（在新的《医疗事故处理条例》颁布之前的鉴定）。2001年6月，杜某夫妇以孩子的名义向医院所在地的中级人民法院提起诉讼，要求医院赔偿400多万元。这个案例中，原告确定向医院所在地的中级人民法院起诉，就是民事诉讼中管辖法院确定的两个方面。
第一，级别管辖的确定，即向哪个级别的人民法院提起诉讼。法律规定我国人民法院分为四级，分别是最高人民法院，各省、自治区、直辖市高级人民法院，地区、地级市中级人民法院，县、自治县、区基层人民法院。有些基层法院设有多个派出法庭，派出法庭不是一级法院，属于基层法院的派出机构。这四级法院之间的分工如下：基层人民法院管辖第一审民事案件；中级人民法院管辖重大涉外案件、在本辖区有重大影响的案件、最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件；高级人民法院管辖在本辖区有重大影响的案件；最高人民法院管辖在全国有重大影响的案件，以及认为应当由其审理的案件。医疗纠纷民事诉讼一般由基层人民法院受理，当涉及到外国人，港、澳、台同胞且案情重大的由中级人民法院受理，有重大影响的案件也可以由高级人民法院受理，最高人民法院一般不受理医疗纠纷的第一审民事案件。
判断是否有重大影响的一个标准是诉讼标的，每个省、自治区、直辖市按诉讼标的对基层人民法院、中级人民法院和高级人民法院的管辖进行分工，不同省、自治区、直辖市的标的数额标准各不相同，且随着经济的发展，会有调整。上述案例中原告标的数额为400多万，达到了当时中级人民法院的立案标准，在级别管辖上，原告直接向中级人民法院提起第一审民事诉讼符合法律规定。
第二，地域管辖的确定，即向同级法院的哪一个法院起诉。《民事诉讼法》规定，因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖；因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。医疗纠纷民事诉讼中侵权行为地、合同履行地、被告住所地通常都是医疗机构所在地。故医疗纠纷民事诉讼中，无论提起侵权之诉还是违约之诉，通常都是向医疗机构所在地人民法院提起诉讼。需要指出的是，有些医疗纠纷中涉及不同区域的多家医疗机构，这种情况下，多家医疗机构所在地的人民法院都有管辖权。两个以上人民法院都有管辖权的诉讼，原告可以选择向其中一个人民法院起诉，原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的，由最先立案的人民法院管辖。
