主要区别在于：
ntfs支持单个文件大于4g，而fat32不能储存单个4g以上的文件。另外ntfs还有碎片少，安全保护等。但有些设备或软件不支持ntfs。
优盘启动盘的话，目前大多数为了启动兼容性，绝大多数是fat32.如果是把系统装到优盘，肯定是ntfs了。
扩展资料：
FAT32是分区格式的一种。这种格式采用32位的文件分配表，使其对磁盘的管理能力大大增强，突破了FAT16对每一个分区的容量只有2 GB的限制。由于现在的硬盘生产成本下降，其容量越来越大，运用FAT32的分区格式后，我们可以将一个大硬盘定义成一个分区而不必分为几个分区使用，大大方便了对磁盘的管理。但由于FAT32分区内无法存放大于4GB的单个文件，且性能不佳，易产生磁盘碎片。目前已被性能更优异的NTFS分区格式所取代。
NTFS (New Technology File System)，是 WindowsNT 环境的文件系统。新技术文件系统是Windows NT家族（如，Windows 2000、Windows XP、Windows Vista、Windows 7和 windows 8.1）等的限制级专用的文件系统（操作系统所在的盘符的文件系统必须格式化为NTFS的文件系统，4096簇环境下）。NTFS取代了老式的FAT文件系统。
NTFS对FAT和HPFS作了若干改进，例如，支持元数据，并且使用了高级数据结构，以便于改善性能、可靠性和磁盘空间利用率，并提供了若干附加扩展
参考资料：FAT32-百度百科NTFS-百度百科
