药用植物种类繁多，其药用部分各不相同，全部入药的，如：益母草、夏枯草等；部分入药的，如：人参、曼陀罗、射干、桔梗、满山红等；需提炼后入药的，如：金鸡纳霜等。在中国古代，《神农本草经》把药物按效用分为上、中、下三品。《神农本草经集注》中除沿用三品分类外，又创造了按药物属性分为草木部、果部、菜部、米谷部的方法。《本草纲目》中采用了自然属性分类法,将所收药物分为16纲60类,并以生理生态条件为依据，将草类药分为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、石草、苔类等。这是中国古代最完备的分类系统。
医学上一般按药物性能和药理作用分类，中医学常按药物性能分为解表药、清热药、祛风湿药、理气药、补虚药等类别；现代医学常按药理作用分为镇静药、镇痛药、强心药、抗癌药等。药用植物学按植物系统分类，则可反映药用植物的亲缘关系，以利形态解剖和成分等方面的研究。中药鉴定学、药用植物栽培学常按药用部分分类，分为根、根茎、皮、叶、花、果实、种子、全草等类，便于药材特征的鉴别和掌握其栽培特点。
植物的化学成分较复杂，有些成分是植物所共有的，如纤维素、蛋白质、油脂、淀粉、糖类、色素等；有些成分仅是某些植物所特有的，如生物碱类、甙类、挥发油、有机酸、鞣质等。
各类化学成分均具有一定的特性，一般可由药材的外观、色、嗅、味等作为初步检查判断的手段之一。如药材样品折断后，断面不油点或挤压后有油迹者，多含油脂或挥发油；有粉层的多含淀粉、糖类；嗅之有特殊气味者，大多含有挥发油、香豆精、内酯；有甜奈者多含糖类；味若者大多含生物碱、甙类、苦味质；味酸者含有有机酸；味涩者多含有鞣质等等。 植物分类的方法 一人为分类方法 是人们按照自己的方便或按植物的用途，选择植物一个或几个特征作为标准进行分类，然后按照人为标准顺序排成分类系统。 二自然分类方法 以植物的亲疏程度作为分类的标准。按照生物进化的观点，植物由于来自共同祖先而具有相似的遗传性，表现出形态、结构、习性等方面的相似。因此，根据植物相同点的多少就可判断它们之间亲缘上亲疏程度。这种根据亲缘关系进行分类的方法是自然分类方法。 被子植物的分类主要依据各种器官的形态特征，尤其是生殖器官的形态特征，因为花果的形态比较稳定，不易因环境的改变而产生变异。 二、植物的分类单位 依范围大小和等级高低，植物分类的各级单位依次是界、门、纲、目、科、属、种。每个等级内如果种繁多还可细分一个或二个次等级，如亚门、亚纲、亚目、亚科等。种以下可有亚种、变种和变型。 种是分类学上的基本单位，同种植物的个体起源于共同的祖先，具有相似的形态特征，能自然交配产生遗传性相似的后代，要求相同的生态环境条件，有一定的自然分布区。品种不是分类单位，不存在于野生植物中，是栽培学上的用法，相当于变种或变型。 在分类上，亲缘相近的种归类为属，相近的属归类为科，相近的科归类为目，以此上推直至把所有植物归类为植物界。
