个人所得税要扣除劳动者社保、公积金个人缴纳部分后，减去3500元计算。如果劳动者社保、公积金个人缴纳1000元，应纳税所得额=6000-1000-3500=1500元，个人所得税45元，实发工资为4955元。
根据《个人所得税法》
第三条 个人所得税的税率：
一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五（税率表附后）。
第四条 下列各项个人所得，免纳个人所得税：
一、省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
二、国债和国家发行的金融债券利息；
三、按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
四、福利费、抚恤金、救济金；
五、保险赔款；
六、军人的转业费、复员费；
七、按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、退休工资、离休工资、离休生活补助费；
八、依照我国有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
九、中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得；
十、经国务院财政部门批准免税的所得。
第六条 应纳税所得额的计算：
一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。
