最主要的区别就是适用的主体不同，合伙企业法规范的合伙企业之间的事项，公司法规定的是公司之间的事项。合伙企业仅仅缴纳个人所得税，不需缴纳企业所得说，而公司需要缴纳企业所得税；合伙企业分为普通合伙企业和有限合伙企业，公司分为股份有限公司和有限责任公司；合伙企业的一切属于合伙人，公司有自己独立的财产；合伙企业的普通合伙人以自己的财产承担无限连带责任，公司仅仅以自己所有的财产承担责任，公司的股东不承担连带责任，公司具有独立的法人格；合伙企业的合伙人必须不少于两人，公司可以有一人公司；合伙企业对出自的多少没有限制，公司有最低注册资本的限制；有限合伙企业中必须有普通合伙人，公司中股东没有这种区别；合伙企业的人合性强，公司的资合性强。
合伙协议适用于合伙企业；公司章程适用于公司，而这的内容不完全相同。
